全台各鄉鎮Ｃ型肝炎盛行率不一，消除Ｃ肝有賴地方政府落實篩檢與追蹤。台南市透過大規模篩檢，歸納出需巡迴醫療與設置Ｃ肝特別門診的地區；彰縣府強化洗腎室、糖尿病與腎臟病患、愛滋與藥癮者、服刑個案等族群的篩檢與治療。
台南市衛生局長陳怡表示，台南市自九十二年展開「行動醫院─全民健檢」計畫，年滿四十歲民眾持健保卡即可享有肝炎篩檢在內的多項健康檢查，據此資料庫推估台南市各鄉鎮Ｃ肝盛行率，發現感染較嚴重地區依序是將軍、柳營、下營、六甲，感染率百分之八至十四。
台南市政府除了寄發通知單提醒Ｃ肝篩檢陽性民眾就醫、衛生所主動追蹤、建立轉診窗口等，也與醫院合作，至將軍區巷埔里、大內區內郭里巡迴醫療，針對六甲、下營、官田、歸仁設置Ｃ肝特別門診。
彰化縣境內卅歲以上民眾Ｃ肝盛行率為百分之四點一，比全國的百分之三點三來得高，各鄉鎮地區盛行率不一，彰化縣政府認為應針對高風險族群訂定不同的防治策略。
彰化縣衛生局副局長尚筱菁舉例，彰化縣六月推動洗腎室病人治療Ｃ肝，醫療院所完成治療率逾八成至九成，不少院所獲頒「無Ｃ肝洗腎室」標章；推估糖尿病與腎臟病患需治療Ｃ肝人數逾兩千七百人，在醫院建立篩檢與轉診流程，預計明年六月前完成治療。
監獄個案感染率不低，彰化市政府委託醫院到彰化監獄、看守所與少輔院，為兩千六百多人篩檢，抗體陽性率為四成、病毒陽性率八成二，後續進行治療，治療率近六成。
但積極介入，仍有許多人未接受治療。以南市為例，篩檢病例數一萬五千多人，治療數僅六千兩百多人；Ｃ肝特別門診效果較好，兩百五十多位收案者當中，僅十四人（百分之五）中斷治療。陳怡說，主要是他們不相信治療有效，或是長者就醫不便，有待強化民眾識能與就醫可近性。
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