擔心會有抗藥性問題，衛福部食藥署今公告明年7月起糞腸球菌以及屎腸球菌，不得作為食品原料，影響最大的食品以益生菌為主。若未來被發現食品含兩菌種，最高可罰300萬元。
食藥署食品組副組長魏任廷表示，糞腸球菌主要是從糞便中分離出的菌種；屎腸球菌則是從腸道中分離，根據研究，兩者也可能從環境中分離出，由於兩種菌種都是原生在腸道中，過去認為若是直接補充兩種菌種，可以讓腸道維持正常運作，廣泛被使用在乳酸菌飲料、益生菌產品中。
近年，歐盟提出警訊，糞腸球菌及屎腸球菌因結構與抗生素類似，可能會攜帶抗生素的抗藥性。服用後，抗藥性會存在於人體，並在體內產生機轉，將抗藥性感染致其他體內的原生菌種，使抗藥性的問題逐漸擴大。
魏任廷表示，第一次預告時原定要全面禁用，但糞腸球菌以及屎腸球菌是體內菌的總稱，業者反應並不是所有的糞腸球菌以及屎腸球菌都帶抗藥性，經過討論以及第二次預告後今正式定案，若是業者能證明糞腸球菌以及屎腸球菌沒有抗藥性等，經過申請公告得以作為食品原料使用。
魏任廷表示，明年7月起生產製造的所有食品，都不得含有糞腸球菌以及屎腸球菌，違者將依違反食安法，開罰3萬元以上、300萬元以下罰鍰。
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