今年受疫情衝擊，醫療院所就診量下滑，為了幫助醫療院所維持營運所需之經費，健保署今年根據去年同期核定之費用提撥暫付款，待結算金額確定後再多退少補，不少醫療院所都因為今年門診量下滑，而需繳回部分費用。近期健保署發文詢問院所是否要分期償還，內容提到還款有5%利息，引發醫界不滿。健保署今澄清說，早已在修定紓困辦法，須還款的3522家院所不需負擔利息，造成醫界擔憂，健保署表示歉意。
健保署醫管組副組長吳科屏表示，今年2月起辦理「提升暫付金額方案」，提供去年同期核定現金流予醫事服務機構維持營運，提升暫付金額是由健保基金支應，未來經結算後仍須補付或繳回，以利健保財務務實正確管理。
吳科屏表示，西醫基層總額共識是一年結算一次，所以明年六月會知道結果，但醫院、牙醫、中醫總額的共識是半年結算一次，所以目前已有結算結果。
今年醫院總額共5675億元，共有398家醫院參與提升暫付款金額方案，現有265家醫院尚須繳回108億元左右。牙醫有6424家參與方案，已撥付19億暫付款，現有1773家牙醫尚需繳回2億多元；中醫3552家參與方案，共撥付9億多元暫付款，現在有1484家院所尚需繳回2億多元。根據統計目前須返還金額超過近3個月的月平均申報金額者，大約381家共2.77億，可能會有申請分期攤還的需求。
吳科屏表示，在這次結算之前，健保署就已經朝「免計息分期攤還」方向規劃，在11月19日陳報衛生福利部，也已提案12月18日衛生福利部法規會討論「衛生福利部對受嚴重特殊傳染性肺炎影響醫療(事)機構事業產業補償紓困辦法」的修正草案。雖然衛福部法規會通過後，仍需報請行政院核定後才能發布實施，但是實施後將追溯至今年結算的院所，所以最終所有參與提升暫付金額方案的醫療院所都不用負擔利息。
吳科屏解釋，這次調查醫事服務機構之分期繳回意向，是健保署12月8日通知各分區業務組進行調查，內容是為了說明可依「全民健康保險醫療費欠費分期攤還作業須知」向分區業務組申請分期攤還，並未提及計息事宜。
吳科屏表示由於上述作業須知針對院所欠費還款、違規追繳費用等情況，本來就訂有計息機制，有部分分區業務組發出函文或回條，依據上述作業須知提到了計息的事，但其實健保署早已朝規劃免計息方向規劃，因此造成醫界擔憂，健保署表示歉意。
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