【文、圖／摘自《小心嘴破，免疫力出問題》／孫安迪著／大塊文化】
口腔潰瘍與免疫有很密切的關係，有的患者會表現出免疫缺陷或免疫反應過度；有的患者則呈現自身免疫互相攻擊反應，使人體正常的免疫系統，對自身的組織抗原，產生免疫反應，引起組織的破壞而導致發病。
這樣的口腔黏膜病變，雖然發生在口腔黏膜和軟組織，但不僅是局部疾病，更可能與全身許多狀況、或系統疾病，有著密切的關係，可以是局部因素所導致發病，或者是全身性疾病的早期或晚期的表徵之一。
醫學界曾估計，有超過一百五十種全身狀態或者是疾病，會在口腔黏膜顯現出表徵，如果把少見的症候群也估算進去，口腔潰瘍會警示更多的疾病訊息。
因為口腔黏膜與皮膚相似，主要來自於胚胎的外胚層。由於組織結構和功能與皮膚有相似之處，並有抗原的交叉性反應。有些黏膜與皮膚自體免疫疾病，早期會在口腔黏膜發生，如天疱瘡、類天疱瘡、扁平苔癬等。
有些口腔黏膜的疾病，也可能在生殖器官的黏膜發生，如貝歇氏病、扁平苔癬等，包括子宮頸癌的腫瘤指標「鱗狀細胞癌」相關抗原（SCCA），也有相當程度在口腔癌、癌前期的病變時就出現。
口腔黏膜疾病，或口腔黏膜潰瘍的臨床鑑別診斷極為重要，醫師必需幫病人留意：是否有數種疾病混合？因為口腔黏膜疾病或口腔黏膜潰瘍，和「自體免疫」疾病息息相關。在口腔黏膜病症外，其餘的生殖器官黏膜、眼睛黏膜、皮膚等都是詢問和觀察的重點，萬不可有所疏忽，甚至如紅斑性狼瘡、血友病、愛滋病、疱疹性皮膚炎等，都有諸多能從口腔黏膜，就能早期診斷出來的經驗。
正常狀況下，口腔微生物與宿主口腔，是處於生態平衡的，但由於身體內外因素影響，會導致口腔內微生物菌群失調。牙周病和齲齒，就是口腔生態失調最常見的疾病。如果是濾過性病毒造成的感染，通常需要十天左右才會恢復。
人在出生時，口腔是無菌的，但幾小時、一天之內，口腔就開始出現一些菌群；以一個成年人來說，口腔中至少由三十多類菌屬，五百多種菌種所組成。完整的口腔黏膜、牙齦組織雖然可以抵抗侵襲，但在口腔黏膜有所損傷、或治療時，傷及牙齦溝底上皮組織或其他部位黏膜，都會致使微生物深入組織，造成感染。
最常見濾過性病毒的感染，是單純性疱疹病毒，單邊疼痛的帶狀疱疹、水痘等；但也有些潰瘍，和肺結核、放射菌、急性壞死潰瘍牙齦炎、以及性病有關，比方梅毒、淋病、愛滋病。特別是當人的免疫力低下，或接受化放療醫治中，要靠醫師的明確診斷。
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