指揮中心宣布民眾可混打AZ+mRNA，但唯獨高端混打爭議不斷。ACIP召集人、台大小兒感染科醫師李秉穎表示，國內已有高端混打受試者進行臨床試驗，最快年底前或三劑開打前公布，除了台大醫院外，長庚醫院及馬偕醫院，近期也將有初步結果。
林口長庚紀念醫院副院長邱政洵表示，先前長庚醫院收案「AZ－高端」等混打實驗，最快十二月中會有結果公布，但至於「AZ－AZ－高端」等三劑臨床實驗，除了對象需要選擇完整接種二劑疫苗，並再追打第三劑、測抗體，時程較長。
林口長庚分子感染症醫學研究中心主任陳志榮表示，目前長庚第三劑臨床收案對象多為醫護人員、機組員等60歲以下族群，多在今年三月及五月就最早打完二劑完整疫苗，給予AZ、BNT、莫德納及高端疫苗，每組100人，共收案400人。目前本月仍在持續收案進行施打，預計一月會有初步報告。
馬偕兒童醫院醫師邱南昌則表示，高端混打的進度已打完二劑疫苗且抽血完畢，約於十二月有抗體初步檢驗情況，但礙於檢驗單位較少，必須排隊篩檢，預計十二月結果會出來。
但相較AZ、莫德納及BNT疫苗，高端尚未完成三期臨床實驗，且國內混打數據也尚未出爐，台大兒童醫院院長黃立民表示，「指揮中心話講太快了」，他認為國內雖有少數赴美者混打高端和他牌疫苗，但未來廣開給一般民眾施打，風險仍須自負。
除了第三劑疫苗爭議外，指揮中心近期宣布，將開放青少年可施打第二劑BNT疫苗，家長卻憂心有心肌炎風險，李秉穎則於指揮中心記者會解釋，ACIP建議要間隔12周施打，風險較低。國內也有專家表示，傳統的次單位蛋白疫苗少了他牌疫苗有血栓、心肌炎等副作用等優勢，能為青少年風險解套。
國內包含林口長庚醫院、新竹馬偕醫院，都有進行12歲至17歲青少年施打「高端－高端」實驗，進度皆已施打完畢，後續仍需要後續抽血、測量抗體滿半年，最快也要到明年後才有結果。
邱政洵認為，據現有疫苗僅mRNA疫苗可施打於青少年，青少年選擇有限，認為國內應該要加緊腳步，除了成人混打，也要同步做青少年的高端混打實驗，「尤其青少年二劑受緩打影響，收案對象間隔數拉恐太長，數據有限。」若未來高端適應症能從20歲下開至12歲，則可解決家長焦慮。
新竹馬偕紀念醫院試驗團隊兒科醫師林千裕指出，高端的青少年適應症下修，得等國內外數據出爐，且必須經食藥署核准，未來混打或三劑實驗結果佳，明年終也有機會成為第三劑施打，或提供未來11歲兒童的第一、二劑選擇。
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