各級學校陸續開學，但短時間內學生大量聚集，提升傳染病風險。九月初腸病毒、夏季流感病例數雙雙創下五年同期新高，開學首周已累積十二起校園流感群聚事件，一百十八個班級因腸病毒停課。
衛福部疾管署持續監測疫情，並提醒腸病毒與夏季流感疫情可能十月之後才會趨緩，請大家提高警覺。
疾管署監測顯示，九月初單周類流感門診急診就診人次共七萬八千多人次，高於過去四年同期的五萬七千至四萬兩千人次；國內腸病毒門、急診也達一萬九千多人次，過去四年同期就診約六千多至一萬五千多人次，流感、腸病毒病例數皆創下近五年同期最高紀錄。
疾管署副署長羅一鈞提醒，傳染病容易在校園間經由學生感染，再將病毒帶回家中，對家中嬰幼兒或老人等其他成員造成威脅，建議一旦感染，就不要來學校，在家休息至痊癒；也請各級學校提供完善洗手設備，加強教導落實正確洗手、咳嗽禮節，保持教室清潔與通風，必要時進行全面消毒工作，避免疫情擴散。
今年世界衛生組織（ＷＨＯ）延後公布本流感季北半球流感疫苗選株，全球疫苗供應與今年國內公費疫苗開打時間雙雙延後。羅一鈞強調，目前觀察夏季流感持續發威，推測冬季流感疫情也將較往年延後開始。
國內近四周社區流感病毒型別以Ａ型H1N1為主，呈緩升趨勢，羅一鈞指出，冬季流感病毒型別與夏季疫情不同，研判今年冬季流感恐以同為Ａ型的H3N2或Ｂ型流感為主。今年校園公費流感疫苗將於十一月十五日開打，學生應踴躍在校接種流感疫苗。
至於腸病毒，上周全台因此停課班級數為一百十八個，幼兒園以一百十一班居冠，中部疫情尤其明顯。
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