NGS納入健保給付後到底需要驗多少基因才符合成本效益?台灣臨床腫瘤醫學會理事長、大林慈濟醫院副院長賴俊良表示，較合理的給付雖然是檢測證據力強的基因，但商品化的模組已取得認證無法任意更動，所以若可用現成商品，但給付價格不變那是最好。他也指出，醫學進步快速，2年就多了很多基因，如果一開始用的是數量較少的模組，未來還要擴充、更改模組，對病患來說，癌症治療有急迫性，錯過一次機會可能就沒了，因此還是希望一開始就驗較多的基因。
此外，NGS可檢測多種癌症突變或驅動基因，但檢測結果恐涉及個人隱私，賴俊良認為，個資保護可以從醫院、檢測公司和商業保險三方面著手，醫院的部分因為個資法、病歷保密，照目前規範走可以不必擔心，檢測公司若要納入健保，也應要求它依循醫院方式進行保密，至於商業保險公司，因為屬於給付單位，拿到原始資料後，可能針對檢測結果調高保費，或影響到個案家族成員的保費，這部分就需要政府特別保護。
