這些細菌散布於牙齒、牙齦、舌頭和喉嚨。在牙齒表面的黏著性菌斑生物膜上有許多的細菌。此外，在牙周小袋深處也可聚集菌斑和殘渣，上面也有大量的細菌。由於有些部位（如牙齦縫隙）不會受到唾液的沖刷；有些部位（如喉嚨和舌頭）出現上皮細胞持續地剝落。所以口腔內不同部位的菌叢組成不盡相同。不過大體而言，口腔菌叢中主要的細菌包括鏈球菌、奈瑟菌、梭桿菌、普氏菌，以及其他的厭氧菌。
好的細菌對身體有益，譬如有些可分解養份方便人體吸收，有些則協助製造腎上腺素、皮質醇、血清素、γ-氨基丁酸等，協助體內荷爾蒙的平衡。帕金森氏症的病人常常在其口腔和腸道出現不足量的普氏菌，這或許可以部分解釋為什麼帕金森氏症的病人腦中的多巴胺量不足之因。相反地，口腔内也有許多對健康有害的細菌，例如導致牙齦病變的具核梭桿菌、牙周病主要致病菌牙齦紫質單孢菌、導致蛀牙的變種鏈球菌、單純疱疹病毒和白色念珠菌等。
眾所皆知口腔衛生不佳的人有較高的風險得到牙齦疾病。牙齦炎是牙齒表面上的菌斑引起的牙齦發炎。牙周病是一種低度而慢性的發炎。它是由致病菌引的牙齦發炎，可導致骨質流失、沾黏性喪失、牙齒鬆動甚至喪失。除非定期看牙醫，牙周病常不被人察覺，也常常不會造成不適。美國疾管局的統計，約 47% 的人有牙周病，而 65 歲以上的人約 70% 罹患牙周病。最近幾年的研究發現，口腔的細菌除了能夠引起阿茲海默症外，也和身體許多疾病有關。
2005 年科學家以牙齦紫質單孢菌感染豬做實驗發現，即便沒有高膽固醇血症，反覆的菌血症也會引起冠狀動脈和主動脈粥狀硬化。有許多研究發現，在動脈的粥樣斑塊中可找到牙周病的細菌。目前有許多專家認為牙齦紫質單孢菌會促進動脈粥狀硬化的發生。美國牙周病學會也指出，牙周病患者罹患冠狀動脈疾病的機率比一般人高一倍。此外，與牙周炎有關的細菌進入血液循環會造成 C 反應蛋白的上升。C 反應蛋白是血管發炎的標記。
2014 年科學家以老鼠做實驗發現，口腔感染牙齦紫質單孢菌會改變腸道菌叢，增加擬桿菌門細菌和減少厚壁菌門細菌，這種菌相的改變會導致迴腸的漏失，而產生內毒素血症和全身性的發炎。近年來有研究發現類風濕性關節炎的病人有較高的機率罹患牙周病，尤其是ACPA- 陽性的類風濕性關節炎。
由上述可知，口腔衛生和健康極為重要，不是只有造成牙周病而已。所以減少口腔的細菌滋長是非常重要的保健方式。目前已知會增加口腔細菌滋長的情況包括抽煙、用藥、基因、食物的種類、青春期和懷孕。此外，如果有牙齦炎的話，也要積極的治療治療。因為如果牙齦炎不治療的話，牙齒和牙齦中間會形成一個牙齦下小袋，其內充滿了細菌。在這種情況下幾乎不可能除掉細菌了。這是很重要的議題，因為大約一半左右的成年人都曾經罹患過牙齦炎。
比上述例子更駭人聽聞的是口腔細菌「具核梭桿菌」竟然和大腸癌有關！
2011 年分別有三組有科學家同時研究大腸直腸癌和遠離癌症之正常大腸組織。比較這兩組樣本的腸道菌叢後發現，大腸直腸癌的樣本有一個共同處，那就存在大量的具核梭桿菌基因。2014 年有研究發現，具核梭桿菌竟然是「穴居在」大腸癌細胞中。也就是說這些細菌住在大腸癌中，不過是在癌細胞的外面。研究發現，有一半的大腸直腸癌可找到這種細菌的存在，而且令人驚訝的是腫瘤發生肝轉移時，這種細菌也跟著出現在轉移的癌症組織中。研究人員發現，原發的大腸直腸癌和肝臟轉移癌相隔兩年，但是出現在肝臟癌組織的細菌是原先就感染在大腸癌上面的，並不是後來才感染得到的。換句話說，如果原先的大腸癌沒有感染這種細菌，那麼肝臟的轉移癌也不會有這種細菌。
研究人員認為， 這種細菌顯然是隨著大腸癌一起轉移到肝臟的。這是否表示，這種細菌是大腸癌的一部分？為了回答這個問題，科學家做了一項有趣的實驗。他們把這個感染具核梭桿菌的大腸癌接種到老鼠身上，讓這個癌組織長大後，再切一小塊移植到另外一隻老鼠身上。如此重複四次，到了第四隻老鼠身上後，還是可以從這個移植的大腸癌內發現這種細菌。這細菌和癌細胞可是黏得緊啊！更有趣的是，當科學家用殺菌劑「甲硝唑（metronidazole）」治療移植的老鼠後，具核梭桿菌被殺死了，腫瘤的生長也跟著減緩了。相反地，用紅霉素當作對照組（紅霉素無法殺死具核梭桿菌），則可以發現，腫瘤的生長不受影響。顯然具核梭桿菌可提供某種大腸癌需要的東西。雖然目前還不清楚，但是具核梭桿菌的確在大腸癌的發生上扮演重要的角色。進一步分析發現，伴隨具核梭桿菌的大腸直腸癌有較高的比例出現特定的基因變化。
口腔的細菌主要在哪裡？答案是舌苔。舌苔是口腔細菌的大本營。舌苔通常是白色的。有時可以變成黃色，甚至是黑色（圖5）。不管什麼顏色，舌苔基本上就是多層細菌和霉菌的組合。舌苔一旦取下來放在紗布上來看都是帶有顏色的，從淺咖啡到深咖啡都有。這是因為不同細菌有不同的顏色所造成的。口腔菌叢之間應該維持生態平衡，用漱口水消毒或使用抗生素都會破壞細菌之間的平衡，這樣會讓某些細菌成為主流。舌苔也不能夠用牙刷去刮，因為會把舌頭上面的鱗狀上皮細胞弄得粗糙，讓細菌更容易附著和生長。一旦菌落之間失去平衡，舌苔顏色會改變、出現口臭，也會有自覺性的口腔異味。密蘇里州的醫師於 2018 年 9 月在《新英格蘭醫學期刊》報告一個蠻嚇人的個案。一位中年女性因車禍而使用抗生素。結果不到一星期，舌頭出現黑色的舌苔。後來停用抗生素並力行口腔清潔後才恢復正常。
(本文節錄自時報出版《精準醫學：早期預防癌症，破解基因迷思對症下藥》)
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