台灣已實際運作之長庚質子中心1300名病患經驗顯示，病患分布前三名分別為肝癌、頭頸癌、腦瘤(含兒童腦瘤)，合計佔近六成病患。這些部位皆是美國放射腫瘤醫學會確認的質子適應症，其他建議適應症含眼睛、顱底、脊椎腫瘤、兒童癌症、晚期頭頸癌、後腹腔肉瘤及復發後的再次放療等。
以治癒性肝癌為例，長庚經驗顯示質子治療兩年放射部位局部控制率可達90%。而國人常見之鼻咽癌質子治療與最先進的VMAT光子治療相比，病人體重下降超過8%或需放置鼻胃管的比率從50%降到20%。攝護腺癌比率約1%。
縱使是攝護腺癌與肺癌，也牽涉到不同時代的舊式質子治療與新式X-光強度調控治療(IMRT)來相比，在比較基礎上就有偏差。
且質子治療組的病人出現放射性肺炎副作用只發生在研究前半期，後半期完全沒有，顯示經驗的累積可以避免副作用的發生。
放射腫瘤醫學會的立場是，評論質子治療必須為放射腫瘤專科醫師，才有足夠的專業做出評論。正如同樣是電腦業，做軟體的人不能只憑少數依自己挑選的報告，就對硬體技術做出正確評論一般，道理是顯而易見。本會認為放療早已成為癌症常規治療之一，有近4成癌友接受放療；而質子屬放療之一種，相較於傳統X-光，有劑量集中，減少正常組織傷害的優點。
沒有任何一種治療方法適用於所有臨床狀況，關鍵是提供病患最適合的治療。以肺癌標靶治療為例，若將藥物使用在未具有相關標靶基因突變的患者，可能只見到副作用而見不到療效，這並非標靶藥物無效，而是未使用於合適病患。故需要透過專業訓練及臨床判斷為病患選擇最適合治療。
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