膽道閉鎖併肝衰竭是兒童肝移植最常見的適應症，此外，需要肝臟移植的兒童肝疾病種類相當多，甚至罕見新生兒肝疾病也可以成功肝移植。兒童換肝的適應症主要有五類：膽道閉鎖、急性肝衰竭、代謝性肝疾患、慢性活動性肝炎或肝硬化、肝腫瘤。
疾病換肝的時機約略如下：
1.膽道閉鎖
膽道閉鎖在4個月大前必須接受「葛西氏手術」，術後如果黃膽完全沒有消退，則在一歲前後接受換肝；若黃膽有部份消退，則到生長遲緩、肝硬化併發症或黃膽又漸漸上升時換肝。如果葛西氏手術後，黃膽完全消退，則追蹤直到有肝硬化的併發症發生時才須換肝。一般而言，膽道閉鎖的病患最終約有85%須換肝。
2.急性肝衰竭
原本正常的肝功能，在短時間內急速惡化，稱為「急性肝衰竭」。造成原因可以簡單分成四種：病毒性、肝毒性物所引起、代謝性肝病、不明原因。許多可以在支持治療下漸漸痊癒，但是某些情況肝壞死無法再生，必須肝移植方能挽救生命。一般認為兒童急性肝衰竭一旦有肝腦病變發生，其凝血功能極度延長，都必須盡快準備換肝，以免腦病變嚴重而留下後遺症。
3.代謝性肝疾患
此類疾病種類非常多，肝臟有成千上萬人體需要的酶。如果因遺傳造成某種酶大量缺乏就稱為代謝性肝疾病。原則上如果缺少的酶全部或大部分源自於肝臟而無法以藥物或食物控制者需換肝，而且必須在尚未引起嚴重後遺症前換肝。
4.慢性活動性肝炎或肝硬化
在青春期以前，因不同原因造成嚴重的慢性活動性肝炎，或肝硬化造成門脈高壓須換肝，主要原因有自體免疫肝炎、新生兒肝炎、慢性B肝或C肝以及不明原因之肝硬化。值得一提的是，兒童換肝和成人換肝有一項適應症是不同的，若肝病影響到兒童的發育與成長，即使肝衰竭尚未到真正末期，仍可以考慮換肝，否則等到過了青春期，即使換肝成功，兒童的發育生長期已過，可能影響其後的身心發展。
5.肝腫瘤
大部份兒童肝腫瘤以切除及化學治療為主，但是對於無法切除或對化學治療沒有反應的腫瘤，換肝為唯一治療方式。
肝母細胞癌多發生於3歲以下兒童，大部份可以切除根治，但若因腫瘤太大無法以化療將之縮小、無法切除，或多發性者，則以換肝治療，目前報告治癒率達5年80%。肉瘤也以切除為主，若太大難以切除，則必須以換肝治療，因為病例不多，所以效果尚無法做結論。
另外，肝細胞癌偶爾也會發生在兒童身上，現在台灣因普遍施打B肝疫苗，肝細胞癌在兒童的發生率很低。並不是所有肝細胞癌皆以換肝治療，一般還是以切除為主，但若肝硬化太嚴重不能切除，可以考慮換肝治療。符合某些情況者，以換肝治療的效果很好：腫瘤顆數不能太多，最好小於3顆，或不能有單一腫瘤太大，即不能超過5公分；另外，必須不能侵犯到肝門附近的血管或淋巴腺，當然不能已有遠處轉移。
值得一提的是，有些新生兒患有巨大肝內血管內皮瘤或瀰漫性肝血管瘤造成鬰血性心衰竭，經類固醇、干擾素或血管栓塞甚至肝動脈結紮皆無法治療的情況，可能必須以換肝治療。另外尚有許多情況無法歸類於以上五種情況，可以視情況請教醫師做評估。
在台灣，兒童肝臟移植大部分以活體捐贈為主，少部分為等待大愛肝臟移植。台灣因為肝臟移植手術技術及術後照顧皆為世界一流水準，手術後五年存活率可以高達90%，目前已有許多兒童換肝病患長大而成為父母親的長期存活者案例。
至於抗排斥用藥方面，多數換肝兒童術後兩年只需要很低的劑量，不會有排斥狀況，副作用不多，甚至在作者的病人中，接近四成兒童換肝病患可完全停掉抗排斥藥物。
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