台大本月績效獎金大幅減少，一位護理師單月少2700元，台大工會表示，醫護實際工作並未減輕，薪資結構紅利績效占比高，績效減少對員工福祉和士氣都有負面影響。台大院長吳明賢表示，台大本薪未減，五六月因降載虧損，仍盡力保障員工福祉。
吳明賢表示，台大有教學研究補助，五、六月降載虧損，仍依法用一到四月盈餘發出績效獎金。他也指出，部分私立醫院影響更大，薪資結構以績效獎金為主的主治醫師，月薪嚴重縮水，月收入銳減幅度可能以萬元計，相較之下，台大醫院已盡力保障員工福祉。
台灣社區醫院協會理事長朱益宏表示，公立醫院有公務預算的挹注，涉及校務的部分還有教育部的補助，私人醫院沒有任何公家預算，「所有的錢都要靠醫院自己賺」，確實如吳明賢院長所說，私立醫院受到疫情的衝擊大於公立醫院。
朱益宏表示，部分私人醫院給主治醫師的底薪很低，如果疫情期間都沒有病人，醫師收入勢必大受影響；但其實醫院也很苦，如果健保署沒有即時補助，有些醫院可能連薪水都會發不出來。
一名任職於私立醫院的不具名醫師表示， 私人醫院主治醫師底薪占月收入的比率低，一半以上的收入都是由年資、業績等因素綜合決定。平常外科收入高於內科，疫情期間反而更苦，因為非緊急手術幾乎都不能做。兒科、耳鼻喉科、復健科也因病人不敢來、呼吸道傳染病減少而業績大減，倒是內科因為病人大多有慢性病、需定期回診領藥，收入沒有差太多。
吳明賢透露，為了幫助醫院度過難關，健保署已經宣布將今年疫情期間的給付金額，補足到去年同期的九成。只要這筆錢下來，院方也會立刻換算為績效獎金，再補發給員工。衛福部編列給專責醫護的防疫獎勵金還沒發下來，未來醫院拿到之後，也會儘速按照造冊發給個人。
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