衛福部健保署公布一○七年醫事服務機構財報，有醫院賺錢，但也有醫院連年虧損。財報顯示申報健保點數逾兩億的機構共二一七間，有卅家整體結餘為負數，超過一成，更有七間醫院近三年都虧損。連三年均虧損醫院中，不少醫院地理位置相對偏遠，需要政府提出計畫及經費挹注。
健保署統計，民國一○五年至一○七年整體結餘均為負數的醫院，包括嘉義長庚、麻豆新樓醫院、衛福部金門醫院、敏盛醫院、新泰醫院、怡仁醫院及羅東聖母醫院。
衛福部金門醫院副院長暨婦產科主任陳根雄表示，偏鄉或離島地區人口較少，金門常住人口僅五、六萬人，醫療需求有限，但作為境內唯一的醫院，各科別都得齊備，許多業務不敷成本仍須投入。他說，中央與地方政府每年分別挹注一億多元支應營運，加總計算收支約能平衡，但經營仍辛苦。其中地方政府經費為醫發基金，這筆經費必須每年經議會同意才能發出，有時還會有變數。
另外，金門醫院全數六十五名醫師，約有廿名人由全民健保山地離島地區醫療給付效益提昇計畫（IDS）等經費支應，隨著醫保生陸續畢業返鄉，醫院也擔憂未來中央終止相關計畫經費、醫院人事成本增加。
陳根雄表示，金門醫院積極向中央政府爭取，盼相關計畫終止後，仍有經費挹注偏鄉醫院；也期待健保署針對偏鄉離島醫院增加給付點值，如果能增加兩成，金門醫院就有機會自負盈虧，不仰賴挹注。
羅東聖母醫院則表示，偏鄉地區有許多弱勢族群，容易產生呆帳，醫院不會積極追討，這是影響結餘金額的因素之一。
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