由於心房顫動時，心房跳動非常快速且雜亂無章，心房跳動次數可達每分鐘350至600次，常常心室也跳動得快且亂。故而心房顫動發生時會感到心悸、頭暈、疲勞和呼吸困難等。雜亂無章的心房跳動，使血液無法正常地排到心室而滯留在心房，嚴重時會形成血塊凝結，甚至有可能導致中風。
【藥物治療】
兩類藥物 控制心律、預防血栓
心房顫動的治療目標，是恢復正常心臟節律、控制心跳速率及降低中風風險。治療方式可分為藥物及非藥物等。而藥物治療又可分為心跳速率控制藥物，如乙型阻斷劑、鈣離子阻斷劑等；心臟節律控制藥物如臟得樂、心利正、律搏克、脈泰克等。預防血栓藥物如阿斯匹林、保栓通、利血達、可邁丁、歐服寧、華法凝、普栓達、拜瑞妥、艾必克凝、里先安等多種不同藥物，可以控制心律不整問題和減低中風的風險。
【非藥物治療】
3-D定位導管電燒 精準找到心律失常區域
而非藥物治療又可分為電擊整流、導管電燒術、心臟節律器植入和外科手術等。其中導管電燒術是可做為第一線療法的有效治療方式，利用高頻電燒導管進入心臟，並記錄心臟電位訊號，找到問題的區域（多數情況下為肺靜脈周圍連接到左心房的區域，但也可能會包含其他區域），並以燒灼方式阻斷這些問題區域，藉以根治心房顫動的產生。
導管電燒治療可減緩或中止症狀、減少或停止服用心律不整藥物、改善生活品質、降低心房顫動的中風併發症，對於藥物治療無效或重覆電擊治療的心房顫動病人，導管電燒是一個很好的選擇。但導管電燒治療仍屬侵襲性治療，不同病人依其合併症有不同的成功率，並有一定程度的併發症或手術風險，且部分耗材需要自費，故在選擇藥物或電燒時必須合併考量，且與負責的主治醫師多加討論。
