未列入徵收碳費的醫療院所，在國內外皆為碳排大戶，衛福部目前編列一千六百多萬輔導醫院減碳，卻還在初期階段，各家醫院僅能各顯神通。曾帶領小港醫院取得淨零標章的高雄市立大同醫院院長郭昭宏說，醫院減碳著重在設備減碳與減少用電，但效果有限，減碳達到百分之十八已經是上限。
溫室氣體排放分為三個範疇，範疇一為「直接排放」，公司所擁有的設備，如廠房、設施、交通工具等，排出的溫室氣體；範疇二為「間接排放」，如外購電力、熱、蒸氣等能源；範疇三是「其他間接排放」，公司外部產生的間接排放，如下游產業鍊、員工通勤等產生的碳排放。
郭昭宏說，目前各家醫院都在想辦法減碳，通常節能、無紙化是醫院的第一步，以大同醫院為例，包含病歷等，整體無紙化比率已達七成以上，同步也從冷氣、醫療廢棄物等循環利用著手，但減碳量達到百分之十八就已是上限。
目前醫療院所執行的減碳方法多停留在範疇一、二，但醫院有七成的碳排來自「範疇三」，為供應鏈或其他間接的碳足跡。郭昭宏說，像南部醫院最需要加強「公共運輸」，無論是員工上下班或病患就醫，多數是自行駕車前往，使用大眾交通工具的比率低。
台灣醫務管理學會理事長洪子仁說，醫院用電量最大是冷氣空調，占整體用電的五成，其餘像是照明、醫療儀器各占一成五，而院內的用電減碳，則以節能作為出發，朝結合數位治理，並改善廢棄物處理、引進循環經濟等方式，全面啟動減碳行動。
台安醫院長黃暉庭表示，減碳雖應從節能起步，但必須要有系統性規畫，否則都是表淺作為。他向衛福部提出三點建議，一是資源分配要公平，不可著重醫學中心，且需給足誘因否則醫院減碳都只會停留在「節能」；二是醫院人員多缺乏減碳知能，衛福部與環境部應辦工作坊，建立問題溝通平台；三是台灣淨零發展缺橫向聯繫，且醫療減碳落後其他產業，盼由官方主導跨產業減碳交流。
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