指揮中心宣布最快明年一月開放民眾任選接種第三劑疫苗，相較AZ、莫德納及BNT疫苗，高端未完成三期臨床，接種第三劑具一定風險。指揮中心發言人莊人祥表示，只要食藥署通過四款疫苗的第三劑緊急授權（EUA）就可以接種，不可能等到所有臨床試驗組合結果出爐才開放。
台大兒童醫院院長黃立民表示，目前混打高端疫苗第二劑及第三劑實驗皆未出爐，若能得知抗體表現結果，再來宣布第三劑接種政策，民眾才能放心選擇疫苗。國內雖有少數「新四劑戰士」混打高端和他牌疫苗，但未來廣開給一般民眾施打，少了數據支持的結果就是「風險自負」。
莊人祥表示，四家業者提出審核的報告，雖然是同品牌打第三劑的相關報告，但無損於指揮中心開放第三劑讓人民任選品牌的決議。他強調，目前進行的各類疫苗混打試驗，即使結果出爐，也是提供給民眾作為品牌選擇的參考，不會左右食藥署EUA的審核。
傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）召集人李秉穎建議，第三劑打與前兩劑一樣的品牌，風險較低，第三劑目的是追求抗體濃度變高，國際上多選擇加打mRNA疫苗，不過混打腺病毒疫苗，如AZ疫苗，也能達到相同效果。至於混打次單位蛋白疫苗，如高端疫苗，這類數據相對少，但優勢是減少誘發血栓、心肌炎等不良反應，盼國產疫苗能加速取得臨床實驗數據。
李秉穎表示，目前國內已有成人進行高端疫苗的第三劑混打試驗，以及青少年接種高端實驗，最快年底或於第三劑開打之前將有結果公布。
至於開放12至17歲青少年接種第二劑BNT疫苗，李秉穎指出，可預期第二劑不良反應將大於第一劑，但接種仍「利大於弊」，且間隔延至12周，可減少心肌炎發生。
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