國內混打實驗計畫，包含台大醫院、長庚醫院等，也持續進行混打研究中，台大醫院表示「AZ–莫德納」混打實驗已有初步結果，比二劑AZ疫苗佳，且與AZ混BNT疫苗相當。然而國內早已開放醫護人員進行「AZ–莫德納」混打，長庚醫院收案700名醫護進行抗體追蹤及觀察，可望在10月底公布結果。
另外疾管署委託在北中、南、區院所進行混打計畫，加上國內BNT疫苗到貨，未來各醫院是否還有進一步考慮可在二劑混打BNT，台大兒童感染科醫師、專家小組諮詢委員李秉穎表示，北部已收案完成，中南區仍在收案中，該計畫會陸續追蹤抗體維持狀況供政策參考，並不會因結果出爐就開放國內混打BNT疫苗。
李秉穎表示，疾管署委託北區院所的台大醫院主持「AZ–莫德納」、「AZ–輝瑞」、「高端–輝瑞」、「高端–高端」混打後抗體追蹤計畫，每案預計收到200多人，從收案到觀察至少有一年半期觀測，但關於台大醫院自行主持的混打實驗，不清楚目前進度是否為進展最快。
但他指出，若台大醫院初步表示，已完成「AZ+莫德納」混打數據屬實，其保護力跟國際發表的研究結果顯示，較「AZ–AZ」效果佳，而與「AZ–BNT」效果相當，也僅代表國內做出來的結果，都與國際數據吻合。
中區院所則由中國醫藥大學附設醫院進行主持，中國醫感染管制中心副院長黃高彬表示，目前仍在收案中，但認為在國外已有混打及抗體效價的實驗成果，且施打對象涵蓋不同人種，數據完整，台灣卻要再自行針對EUA疫苗進行混打抗體追蹤，該計畫意義不大且勞民傷財，若要針對高端疫苗等國產疫苗進行實驗，那應該由高端自行主持。
長庚醫院也有兩組混打研究正在進行，林口長庚醫院分子感染症醫學研究中心主任、兒童感染科醫師陳志榮指出，其中一項臨床試驗是比較「AZ–AZ」、「AZ–高端」等效價進行追蹤，第二劑疫苗隨機分配，共收案100人，已經收案完成，預計下個月有結果。
另外一項則是觀察性研究，是根據長庚醫院的醫護人員進行「AZ–AZ」、「AZ–莫德納」、「莫德納–莫德納」進行抗體追蹤，總計已收案700多人，預計10月底就會有結果。未來針對是否會針對BNT進行混打計畫收案及追蹤抗體追蹤，他認為醫護人員多已施打完一劑疫苗，第一劑打BNT疫苗可能性不大，未來可針對院外一般民眾進行收案，若有施打BNT疫苗者欲知道自己抗體狀況也能至醫院追蹤。
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