指揮中心洽購COVID-19疫苗總計近2000萬劑，包含COVAX約476萬劑、AZ疫苗1000萬劑及另一家洽談中，但外界質疑AZ疫苗保護力不及RNA疫苗，指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳表示，臨床試驗結果從60%到90%有不等效性，第三期臨床試驗將查證最理想注射效果。
張上淳說，疫苗評估採購，世界各國都是在還沒有結果前就跟廠家談相關資訊，確實因初期無足夠資訊狀況下，各國就已簽約或預購，大家都是一樣沒有足夠資訊，但臨床試驗也不是單一個試驗就完整，很多還要看後續的臨床試驗去加強查證其效果。
張上淳說，過去國外有些比較快的緊急授權和施打，就專業立場看，因為國外疫情太嚴峻，稍微延緩會增加很多傷亡，不得已要快點開打。指揮中心指揮官陳時中表示，未來開打恐無法讓大家選擇接種廠牌，疫苗臨床試驗數據都在變化中，籲民眾安心。
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