受到敦睦艦隊染疫影響，中央流行疫情指揮中心自5月1日起加嚴遠洋漁船返台後檢疫標準，不論海上有無接觸或下船，返台一律檢疫14天，費用由船東負擔，船東抱怨財務壓力沈重。對此，指揮中心副指揮官陳宗彥表示，今天下午就會與漁業署討論財務困難的部分，指揮官陳時中則重申，邊境不會任意放鬆，只要船員須下船，就要居家檢疫。
近期遠洋漁船陸續返台，以一艘船漁工10人計算，每人住防疫旅館一人一室住14天，費用驚人，已有船東因此不敢靠港，希望能爭取原船檢疫或紓困。陳宗彥表示，一兩週前就已經找漁業署和縣市政府開會檢討，當時針對遠洋漁船很既定防疫措施，綜合防疫醫師意見，發現漁業署實務落實督導時，可能無法確定30天後漁船人員的身體健康，所以才取消了「30天未下船或無海上接觸就免居家檢疫」的規定。
陳宗彥說，為了落實居家檢疫，一部分船員會留在船上，其他人會進入防疫旅館，以保障全員都是一人一室。防疫旅館本來就有交通部的一天一千元補助，如果船員符合居家檢疫標準，也可以再領取一天一千元的居家檢疫補償。有關船東經濟負擔的部分，今天下午會在與漁業署討論。
針對有船東提到居家檢疫延誤下次出海時程的問題，陳宗彥表示，船靠岸卸完漁獲，只要船員不下船，完成整備就隨時可以出港，所以不會耽誤再度出港的情況。他也強調，但只要需下船，就得配合居家檢疫14天。「有這樣的措施，才能確保社區安全和船員的身體健康，社區防疫也可以做到兼顧。」
陳時中表示，漁船的概念很簡單，如果沒有接觸本土社區就可以放鬆，如果與社區接觸就要居家檢疫，有困難經費的部分會盡量予以協助，目的就是把邊境做好。
陳時中強調，邊境上還是需要管制，放鬆是例外，例外就要有例外的管理方式。世界疫情還是很嚴重，台灣內部是相對安全，所以「我們內部的原則是在放鬆，例外才去管制，但邊境上不會任意放鬆，除非有經貿重大活動才會考慮。」
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