台灣已有3214名新冠肺炎死亡案例，去年是統計「全死因」，只要確診後死亡就算，今年則是只算「直接死因」或「審查死因與新冠有關」的人數。指揮官陳時中今年5月中曾允諾公布「審查認為死因與新冠無關的死亡數」，今外界再次詢問，他說「可能還沒弄清楚，弄清楚就跟大家報告。」
專家表示，要將死因歸類確實不容易，不經歸因的「全死因」死亡是醫療水準的指標，比較適合作為跨國比較。公衛學者則建議，死亡數可以不用天天公布，但可以每隔一段時間公布總通報死亡數，及其中與新冠有關或無關的類別。
哈佛大學流行病學博士、台大醫院急診部臨床副教授李建璋表示，死因的判斷歸類不容易，有很大的專業判斷空間，通常死亡診斷書寫在最前面的，就會被認為是死因。舉例來說，癌症或中風的病人常常最後死於敗血症，但敗血症不會進入國人10大死因，癌症和中風才會。
李建璋表示，不同醫師、不同國家對死因的歸因判斷會有差異，所以歸因過的死亡人數比較不適合互相比較。不經歸因，只要確診就算的「全死因」死亡數，經過校正年齡和性別，比較適合做跨國比較，是代表國家醫療水準的指標。
台大公衛流病與預醫所教授陳秀熙表示，各國都有在對新冠確診死者的死因進行重新分類，但不會天天更新數據報告。建議指揮中心可以持續接受通報，花時間妥善釐清、分類，再定期公布總通報死亡數、判定有關的死亡數、判定無關的死亡數及其類別，讓外界了解。
前疾管局副局長施文儀表示，完整的死亡資料是國家生命統計很重要的一環，各國都在整理。他相信台灣這方面還算光明磊落，專家也不會動手腳，待疫情告一段落，應該就會有正確數據攤在陽光下，不用急於一時。
至於外界常說的超額死亡，李建璋表示，這不是單看新冠死亡，而是看有疫情的年度實際總死亡人數，是否高於該年度預期的總死亡人數。如有超額，代表疫情為國家帶來負擔，超額有來自疫情直接導致的死亡，也有來自受疫情間接拖累所致的死亡。
李建璋表示，現在還在疫情管制期間，防疫措施阻絕許多傳染病，也減少年輕人出意外的機會，但這些死亡在防疫措施解封後可能會變多，建議觀察完整一個年度再討論超額死亡。
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