新冠疫情帶走七百多條人命，台大急診部臨床副教授李建璋曾示警，德國解剖猝死個案發現，有三分之一死於肺栓塞。在社區感染出現近一個月後，指揮中心於六月廿三日公布第十二版治療指引，列入血栓合併症，提醒治療時檢驗凝血功能相關數據，適時給予預防性劑量抗凝血劑等。
台北榮總胸腔部呼吸治療科主任陽光耀表示，歐美發生肺栓塞機率高，因此病人住院時習慣給予預防性血栓藥物，雖然亞洲人出現肺栓塞的情況較為少見，但新冠肺炎患者出現血栓的機率變高，今年出現本土疫情導致上萬人確診，患者出現肺栓塞比率也提高。
亞東醫院副院長、心臟外科專科醫師邱冠明指出，肺栓塞需透過電腦斷層診斷，但新冠確診者要做電腦斷層，必須移出負壓隔離病房，移動前後管制現場動線、設備清空、人員防護、事後清消等，雖然標準作業程序沒有問題，但過程都是風險。
衛福部已於六月底修改臨床指引，建議醫師視個案嚴重程度，定期檢測D-dimer、fibrinogen等數據追蹤，避免發生肺栓塞等血栓問題。另外，除了肺栓塞，患者也可能有多重併發症，邱冠明表示，過去十幾年陸續有四種新型口服抗凝劑，包括血液、胸腔、心臟內外科，舉辦多次聯合討論會，這次出現新冠肺炎，跨科團隊能迅速應變，就是受惠於過往十年來的聯合教育訓練。
台灣致死率高於全球平均，邱冠明認為，數字反映出分母確診數不夠多，近期死亡的皆是感染許久的舊病人，但強調及早診斷與治療有助降低死亡，若染疫後錯過最佳時機，一旦重症，極有風險，他比喻「就像軍隊殺過來又撤退，但造成破壞的事實不會改變」。
邱冠明補充說明，新冠肺炎病毒藉由呼吸道進入身體，引發全身性發炎反應，除了攻擊肺部，亦會造成全身性心血管反應，發生血栓機會高。若發現病人d-dimer等指數異常，或是出現隱形缺氧，要肺栓塞出現的可能要保持高度懷疑，及早安排電腦斷層診斷或給予抗凝血劑。
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