長照機構感染控制問題值得關注，有醫師以流行病學調查表示，各長照機構的感染率依人口社會學、感染定義、照護系統與監測方式不一致而有所差異，感染率從2.7%到逾30%不等，比起一般醫院來說並沒比較低，可能跟機構感控觀念差、缺乏感染管制專業人員有關。更曾發生過長照機構肺結核群聚事件，因陸續有人發病，最後機構經營者受不了而關門。
台灣長期照顧感染預防暨控制學會理事長李聰明表示，長照機構依照護需求的輕重程度分為安養、養護、長照與護理之家等，住民因各自病症不同，常使用抗生素或如氣切管、鼻胃管、導尿管等侵入性治療裝置，較易增加感染風險的產生、感染或移生。
中國醫藥大學附設醫院感染科主治醫師、中國醫藥大學微生物及免疫學科教授盧敏吉進一步表示，長照機構因住民聚一起，經長時間不同疾病細菌傳遞下，會有多重共病、高群聚感染風險；而長照機構易因群聚感染的疾病，包括上呼吸道感染（如季節流感）、肺結核、腸胃道疾病等。
李聰明在臨床上常接觸機構來的長者，發現易重複感染，且細菌抗藥性強；而國內研究也發現，從2007年至2013年間，機構多人同時感染事件近1800件，有近1/3都發生在長照機構。
李聰明研判年長者抵抗力較差、具多種慢性病外，部分機構工作人員缺乏感控觀念等，使疾病容易散播。他也曾處理過一起機構肺結核的群聚事件，因肺結核潛伏期長，該機構陸續都有人發病，最後機構經營者受不了，只好關門。
盧敏吉則指出長照機構在施行感染預防與控制時，會面臨到的障礙，包括沒有充分清潔（甚至沒準備洗手液或乾洗手）、缺乏預控人員、人員配置過低、行政管理不佳，及沒建立住民相關疾病檔案，資訊不流通情況下，一旦傳染當下常無法控制。
李聰明表示，預防上呼吸道或腸胃疾病其實很簡單，做好手部清潔、注意咳嗽禮節、生病戴口罩及做好隔離即可，呼籲機構人員應自我加強觀念外，學會將持續向長照機構推廣感染預防控制議題。
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