新生兒敗血症是新生兒致命的原因之一，可能引發多重器官衰竭死亡；尤其早產兒的發生敗血症的機率高達一至四成，死亡率可達25%。其中，晚發性敗血症常發生於新生兒出生七天後到三個月間發生，常常來得突然、發生原因也不明。林口長庚新生兒團隊證實，早產兒腸道菌叢失調容易發生敗血症，且腸道細菌也可能轉移到全身造成敗血症；該研究也於10月登上國際知名期刊「微生物學前沿 (Frontiers in Microbiology)」。
林口長庚新生兒科醫師李建忠表示，腸道內有獨立複雜的神經系統以及人體最大的微生物菌叢，而且腸道的維生菌叢也可能和神經系統疾病、內分泌疾病等相關。而新生兒和嬰幼兒是腸道菌叢發展最重要的時期，此時期的腸道菌叢變化會影響以後甚至成年的健康。
早產兒由於腸道尚未成熟，腸道菌叢無法如健康足月般正常發展，因此醫學界「懷疑」早產兒的腸道菌叢可能會增加早產兒壞死性腸炎、新生兒敗血症等常見併發症的發生機率。
因此，林口長庚團隊追蹤32個出生時體重低於1500公克的早產兒和10個健康足月兒半年，觀察是否產生敗血症。研究發現，早產兒腸道細菌的組成在剛出生兩個月內的變化，與健康足月兒相反，是呈現「失調」的狀態；而發生晚發性敗血症的早產兒，其腸道菌叢失調更為嚴重，且出生第一周腸道菌叢的多樣性就已經明顯較差。
另外早產兒若長期使用抗生素治療，使用時間越長，不但無法減少壞菌比例，乳酸桿菌和比菲德氏菌等好菌越少。而有三分之一的早產兒在發生敗血症前，致病菌已經定殖在腸道之中，感染來自已經定殖於腸道中的細菌。
新生兒科醫師林瑞瑩表示，目前並沒有很好預防新生兒敗血症的方法。由於早發性敗血症通常發生在七天內，主要來自母親生產時的感染，還可以在生產前後給予抗生素降低感染機率，但晚發性敗血症則沒有任何有效的預防方式。
而長庚的研究發現則可提供預防新生兒敗血症的新方向，或許可透過改善早產兒的腸道菌叢或微菌治療的方式，降低晚發性敗血症發生機率。
新生兒科主任江明洲表示，由於不同地區、生產方式以及是否哺餵母乳等，都可能影響新生兒腸道微生菌叢的樣態，因此包括好壞菌怎樣才算平衡、補充益生菌是否有效等，都還有許多未知需要探討。盼能建立新生兒和早產兒腸道微生物菌叢資料庫，對新生兒和早產兒腸道菌叢有進一步的研究和了解，進而發展相關的精準治療技術
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