在甲狀腺癌治療上，手術是最主要方式。台大醫院雲林分院內科部主任王治元表示，關鍵是第一次開刀，開得越乾淨，後續的問題越單純。
喉嚨有麻痺感 恐侵犯喉返神經
羅東博愛醫院耳鼻喉科主治醫師張家宸表示，若患者年齡小於14歲或60歲以上發生結節、且快速長大，有壓迫感或影響吞嚥、聲音明顯沙啞，可能是惡性的甲狀腺癌，若喉嚨有麻痺感，則癌細胞應已侵犯喉返神經。
另外，若患者以前頸部照過X光、曾暴露在輻射線下，或結節超過4公分，也較有可能是惡性。
傳統手術傷口大 內視鏡須自費
張家宸說，一般良性結節不需手術，但若患者結節較大，或已壓迫到其他部位而產生不適，可透過內視鏡、射頻燒融術等手術方式處理，不過這類手術為自費，健保不給付。
台北榮總甲狀腺醫學中心主任陳瑞裕表示，在甲狀腺癌手術治療上，可分為傳統與非傳統手術，兩類手術治療效果差不多。健保僅給付傳統手術，患者較省荷包，不過傳統手術傷口相對大，因此各醫院往往會建議患者加上少數自費醫療項目，如止血刀、神經偵測器等，以避免傷及喉返神經與聲帶。
陳瑞裕說，如果是良性腫瘤或小於兩公分、惡性度不高的甲狀腺癌，或者在意傷口外觀或有蟹足腫體質者，也可考慮自費進行內視鏡微創手術。內視鏡微創手術可經口、經腋下、經乳暈、經耳後等處進入，患者可視自己想讓傷口落在哪個位置，同時尋找對於這項手術較熟練的醫師。
多大該全切 國內執行標準嚴格
甲狀腺切除術依病情需要，進行部份或全部切除。張家宸表示，如甲狀腺雙葉腫大或腫瘤病灶較嚴重，須進行全部切除。另外，如伴有頸部淋巴結轉移，還要切除頸部淋巴結。
以最常見、占率約九成的乳突癌與濾泡癌來說，美國建議腫瘤大於4公分者要作全甲狀腺切除，台北榮總則將標準拉至2公分。陳瑞裕說，美國的標準較寬鬆，台灣雖無統一原則，但各醫院執行起來普遍較美國嚴格，一來是考量腫瘤越大越可能侵犯血管或發生淋巴轉移，二來是因為「台灣醫療便宜且就醫可近性高，民眾一有懷疑就想馬上拿掉，根本不會等腫瘤長大。」
至於較小的腫瘤，過去同樣是切除全甲狀腺，不過現在有機會只切除長有腫瘤的甲狀腺單葉，因為臨床上發現拿掉單邊後鮮少復發，即使不幸復發，屆時再處理往往都來得及。
全切患者 需進行放射碘治療
不過即便手術後，也可能需搭配藥物治療。蕭炳昆說，術後針對高危險群，可給予放射性原子碘藥物治療，破壞癌細胞、清除可能殘存的甲狀腺組織，以免有復發可能。
陳瑞裕說，甲狀腺對碘的親和力極強，正常的甲狀腺細胞對碘的親和力比其他細胞高出數百倍，即使是惡性腫瘤仍保有這種功能，因此術後患者可藉由口服藥物將碘-131帶進甲狀腺位置，並以弱穿透力破壞殘餘的癌細胞，且對於旁邊其他組織影響不大，未被吸收的放射碘也很快會經由尿液代謝。
不過，只切除單葉甲狀腺的患者則不建議進行放射碘治療，因為沒被切除的健康甲狀腺對碘的親和力強，殘餘不多的惡性腫瘤親和力較弱，因此進行這項治療難以達到效果。
術後副作用
副甲狀腺功能低下 可服鈣片、維生素Ｄ改善
關於甲狀腺手術的進行，張家宸表示，患者通常術前一天住院，於頸的中下部切開，把頸部肌肉撥開後，先定位及保留上喉神經與喉返神經（兩者為聲帶神經）及控制體內鈣濃度的副甲狀腺，再切除甲狀腺。術後併發症和副作用包括傷口出血、感染、血腫壓迫呼吸道、呼吸困難、聲音沙啞（音質改變）、神經麻木、副甲狀腺功能低下等。
台大醫院一般外科主治醫師陳坤源表示，音質改變是因手術容易影響到控制聲帶的神經，但一般來說，溝通講話功能都不會有問題，只是可能無法唱歌或大聲說話。至於副甲狀腺功能低下，可能導致手抽筋或麻痺，但只要每天服用一到兩顆市售高單位的鈣片及維生素D就可以改善。
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