胃食道逆流患者服用制酸劑，小心會增加腸胃道感染風險。國衛院針對腸胃道感染者進行的大規模分析，發現服用強效制酸劑者，腸胃道感染風險（沙門氏桿菌）達5.39倍，且停藥一周風險後風險只降為四倍左右，一個月後，風險才會消失。
研究中也發現，台灣普遍使用的抗生素，造成腸胃道感染的風險也達5.21倍，類固醇3.18倍，非類固醇的止痛藥（例如阿斯匹林）為2.37倍。國衛院感染症與疫苗研究所副所長齊嘉鈺表示，一般民眾自行購買服用的制酸劑、胃藥、胃乳片等雖不再這次研究中，但因機轉相同，也會出現類似狀況，但風險可能較低。
國人飲食不正常、暴飲暴食，導致胃食道逆流、胃潰瘍患者增多，國家衛生研究院感染症與疫苗研究所助研究員郭書辰表示，因過去臨床發現服用制酸劑的人，容易伴隨腸道感染問題。
國衛院研究團隊以2000-2010年健保資料庫，找出腸道感染者及沒有腸道感染問題者共7萬多人，分析是否使用強效制酸劑處方藥「氫離子幫浦制酸劑」proton pump inhibitors（PPI）。
結果發現，一年內曾使用強效制酸劑，腸道感染風險為兩倍，正在使用者的風險為一般人的5.39倍；若服用另一類制酸劑「組織胺阻斷劑」（H2-receptor antagonists），風險也增加為1.84倍。
郭書辰說，人體有避免細菌等感染的能力，如不小心將細菌吃下肚，胃酸會殺掉細菌，但制酸劑讓胃酸分泌減少，感染可能性就會增高。
郭書辰解釋，腸道中有原生菌，可以避免被壞菌感染，但抗生素會殺掉原生菌，讓腸道失去保護；而類固醇則可能讓人體免疫力變差，甚至讓人體可能失去殺菌功能。
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