蘇丹紅雞蛋、芬普尼雞蛋等事件，食品追蹤追溯系統扮演極重要的角色，為了加強追蹤追溯的法律強度，立法院於10月31日三讀修正通過食安法，將原本放在子法中，規範食品業者須保留5年內原料進出口單據、收據等規定，移到母法中，但原先的罰則為6萬元以上、2億元以下，修法後，罰則調整，改為3萬元以上、300萬元以下，情節重大者將可命其歇業、停業。
因應食安事件頻傳，食品藥物管理署推動「非登不可」政策，若是想要做餐飲、食品加工、製造、食品販售等生意，統統得向政府登記，否則不得營業，除了登記以外，食藥署也於食安法子法中規定，食品相關業者必須要保留進出貨的單據，且需長達5年。
立法院提案委員認為僅將進出貨收據的規範，訂於子法中，強度不足，要求直接放進母法裡，經過立院三讀後，10月31日正式通過，但是放進母法後，相對應的罰則也有所調整。
食藥署食品組副組長許朝凱表示，原本要求保留單據的規定是放在GHP的規範中，GHP是所有食品業者都需要符合的基本規範，若是依照原本放在GHP的規定中，業者若是違反規定，將開立限期改善單，若是限期改善仍不符合規定，將可依食安法開罰6萬元以上、2億元以下的罰鍰。
許朝凱表示，但是現在依照立法院最新的修訂，保留單據不在是放在GHP中，而是直接放進母法，該相對應的罰則也有所調整，改為依照食安法45條開罰，依法同樣是先開立限期改善單，若是限改不符合規定，可依法開罰3萬以上、300萬元以下的罰單。
許朝凱表示，由於該規定已經三讀通過，近期總統令就會發布，總統令發布後，將會立即著手進行規定，另外，許多業者會詢問，單據得保留是否可以採取「無紙化」？對此，許朝凱解釋，只要依照規定留存進出貨單據，內容清晰，即使是用手機翻拍建檔，都是允許的範圍。
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