芬普尼雞蛋事件沒完沒了，農民反映，由於現在害怕使用藥物，導致蛋雞身上都是寄生蟲，影響蛋雞健康，也會造成產蛋率下降；官方與學者則認為，雞農應該改變經營型態，盡可能的完成禽舍的清潔，能減少寄生蟲的發生。
芬普尼雞蛋事件後，農委會啟動全台雞農的用藥安全、飼養管理教育訓練，記者上周到全國蛋雞最集中的彰化芳苑地區，當時，雞農紛紛反映，現在不知道應該要用什麼方法，才能除去雞身上的體外寄生蟲，因為害怕又用了不應該用的藥物，因此只能放任雞身上長蟲，不僅雞隻焦躁不安，產蛋率也下降，甚至寄身蟲還會跳到人身上。
農委會防檢局長黃㯖昌表示，對於雞農除去雞蝨是有合法的動物用藥百滅靈，可以直接使用在動物身上，但是，這是早年通過的藥物，早期通過的方式不夠周延，且沒有訂定停藥期；芬普尼事件後，防檢局已經著手盡快制訂讓這藥物的規範更為周延，可能要做些相關試驗；另外，外界說可使用硫磺，但這是用於雞隻的砂浴使用，這與我現行的籠飼飼養方式不同，因此要找到對動物有效，又不會有藥物殘留問題的藥物，實在有困難。
黃㯖昌表示，鼓勵農民加強環境衛生管理才是根本之道，政府會盡快去完成百滅靈的實驗、並且訂出停藥期，但這也是有難度的，因為蛋雞天天都在生產，何時才是真正的停藥期？他認為最好的方式，還是雞舍的衛生管理才是根本。
中興大學動科系兼任教授許振忠表示，假使蛋雞長蟲，確實產蛋率會下降，因為雞蝨會吸血，雞的採食量也會下降，但反過來想，為什麼這些寄生蟲嚴重的蛋雞場，都是傳統的雞場雞舍，表示基礎的清潔並沒有做好，他舉例，雞的糞便要常常清理，不要等到雞糞便堆疊到雞屁股高才清理。
他表示，雞蝨是外寄生蟲，有時會晝伏夜出，白天到雞身上吸血，晚上又回到雞糞便、飼料掉下來的飼料塊，還有雞舍的縫隙，因此糞便、籠舍、環境、預料都要定期清乾淨，白天可用火焰消毒，不能說雞蝨會完全絕跡，至少能大大降低寄生蟲密度，注重環境衛生，統進統出、不要強迫換羽，農民的觀念思維要更改，否則，永遠都會有這些問題。
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