民眾普遍對基改產品存有疑慮及負面印象，衛生福利部雖從七月一日起要求基改產品需分階段標示，提供民眾選擇的權利，但也因此讓主婦們更斤斤計較，部分攤販更是不敢誠實標示。學者昨在一項座談會中，呼籲國人應以科學取代恐懼，不該讓有助於解決糧食危機的基改產品成了洪水猛獸。
台灣大學生化科技學系特聘教授潘子明表示，基改食品從一九九六年研發至今已十九年，有問題的食品會經過十九年都沒發現嗎？基改食品最被民眾質疑的就是「誘發過敏」、「致癌」等，但這些疑慮都被學界認為「實驗的真實性不足」。
像是有一篇法國學者曾進行老鼠實驗，發現長期食用基改食品，小鼠體內會出現腫瘤，潘子明說，該研究並沒有將對照組的資料呈現，因為對照組的小鼠同樣也發生腫瘤。他認為，基改食品若是有問題，早在推行五年內就會發生，不會拖到現在還沒實證。
實踐大學食品營養與保健生技學系教授黃惠宇表示，基改黃豆與非基改黃豆的營養價值，實際上都是一樣的，台灣有九成的黃豆都是仰賴進口，食藥署對於基改黃豆都會要求檢驗，包含營養成分、安全性、過敏等，只要有問題全數不得進口。她也是食藥署審查委員，強調「台灣的審核相對於其他國家是相對嚴苛的」。
潘子明表示，目前檯面上在反對基改食品團體，多數是「有機業者」背後撐腰，基改食品會被打壓，主要是非基改及有機食品業者擔心市場被搶奪，刻意讓大眾對基改食物有不正確的認識。
潘子明表示，他不敢斷言吃了一桌「基改菜」實際上是否造成人體往後的危害，但若有實際證明基改產品的害處，各界應理性討論，而不是斷章取義，汙名化基改食品，也希望政府能夠向民眾說明真相，別讓民眾恐慌。
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