農委會水試所近年致力研究益生菌，開發如腸膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides B4)及短小芽孢桿菌(Bacillus pumilus D5)等多種水產用益生菌，具有提昇水產動物免疫力、促進魚蝦類的成長與改善水質的功能，在輔導漁民養殖及技轉廠商成果豐碩。
水試所表示，益生菌在人類保健上具備有莫大的功效，可以調節腸胃功能、增強腸道免疫力、抑制過敏反應及保護心血管系統。同樣地，將益生菌施用於水產養殖上，也具有改善養殖環境、增進水產生物成長、降低養殖生物疾病發生、增加抗病能力及減少抗生素的濫用等功能。
水試所說明，目前研發應用的益生菌包括藤黄微球菌(Micrococcus luteus)、枯草芽孢桿菌(B. substilis)、梭形芽孢桿菌(B.fusiformis)、球型紅桿菌(Rhodobacter sphaeroides)、紫色非硫光合菌(Rhodovulum sulfidophilum)、清酒乳桿菌(Lactobacillus sakei F2)、腸膜明串珠菌及短小芽孢桿菌等。
水試所舉例，藤黄微球菌、枯草芽孢桿菌及球型紅桿菌具有改善養殖池水質與底質、調整水產物消化道細菌相及促進其成長等能力，經研究證實，如能配合鏈球菌疫苗投餵，可有效增強試驗魚對抗細菌性疾病的免疫力。
而紫色非硫光合菌在養殖池中同樣具有抑制病原菌、降低水中氨氮廢物及穩定養殖池水質的功效，經本所海水繁養殖研究中心積極推廣，並免費提供給養殖漁民使用，目前在提高池中石斑魚白身苗的育成率的功效已被漁民肯定。
清酒乳桿菌對棲息環境的耐受性強，對多種弧菌具有拮抗性，也對於氯黴素及四環素等抗生素具有藥物敏感性，同時也具有清除多種危害人體自由基的功能。
腸膜明串珠菌B4是乳酸菌，會產生葡聚糖(glucan)及寡糖，可調整養殖魚蝦腸道之菌相，有效增進養殖魚蝦的成長、免疫及抗病能力；短小芽孢桿菌D5則具有抗水產病原弧菌能力，將之添加於餌料中餵食白蝦，可提升白蝦免疫力。
水產養殖益生菌在未來發展的趨勢，已不再是單靠一菌種的功效，該所相關的研發也將朝向複合式的益生菌方向前進，組合不同功能之益生菌，利用複合式細菌可同時達到淨化水質、增進養殖魚蝦的成長及促進水產物免疫力提升的效果，有助於減少養殖用藥、生產優質水產生物及提升水產品的食用安全性。
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