器官移植術後排斥反應分三種，分別為超急性、急性與慢性排斥反應，其中以國內移植案例數最少的小腸移植，排斥反應最強烈，眼角膜移植的排斥反應最小。
小腸淋巴多 反應最強烈
亞東醫院副院長、小兒外科主任陳芸表示，國內目前記錄有17名患者，進行18次小腸移植手術，相較其他器官，小腸淋巴組織多，易引起強烈免疫反應，產生排斥。
排斥反應最小，甚至多數患者終生未見排斥問題的是眼角膜。基隆長庚醫院眼科主任孫啟欽說，眼角膜屬組織移植，不像器官布滿血管，移植成功率九成以上。他表示，眼角膜移植後也要用抗排斥藥物，無須口服，點眼藥水即可。
台灣移植醫學學會理事長、長庚醫院器官移植中心主任李威震說，器官移植將相同器官植入不同個體內，涉及細胞和抗體主導的多種免疫損傷機制，受贈者免疫反應常對移植物排斥，術後必須服用抗排斥藥物。以肝移植來說，規律用藥下，約有15%至20%患者會產生排斥反應，各器官情形不同。
他解釋，排斥反應若以時間區分，移植手術當下或術後3至5天，屬於超急性排斥反應、術後7至12天為急性排斥、術後數月至數年為慢性排斥，但這僅是約略分法。隨著移植器官與受贈者不同，振興醫院心臟血管外科主治醫師張忠毅說，造成急性、慢性排斥因子不同，需做詳細檢查才精確。
急性排斥 多數可以治療
器官移植前須做一系列檢查及交叉配對，確保移植安全性。李威震說，事前檢查若已發現移植器官與受贈者可能出現排斥反應，大多不建議接受移植，以避免超急性排斥反應出現，而臨床手術發生超急性排斥反應的機率，約只有1%至2%。
器官移植後出現急性、慢性排斥反應，並非代表新器官無法再使用。以腎臟來說，器官捐贈移植登錄中心執行長、長庚醫院器官移植中心副主任江仰仁表示，急性排斥第一線多投以大劑量類固醇治療，且成效甚佳；若類固醇無效，還有第二線抗體類藥物可使用。實際經驗上無法治療的急性排斥很少，倒是慢性排斥目前尚無大規模人體試驗有效的藥物，若難以挽回則患者會再度洗腎、換腎。
抗排斥藥物 須終身服用
除了移植後的排斥反應，江仰仁說，器官移植因服用抗排斥藥物，會提高心血管疾病、癌症、病毒或細菌感染疾病罹患機率。以腎臟移植來說，若術前已有高血壓、糖尿病或心血管疾病患者，恐加劇病情，引起心肌梗塞、中風等。若無心血管疾病者，也會因此造成高血脂、高血壓等問題。
一旦進行器官移植後，李威震說，患者必須終身服用抗排斥藥物，抑制免疫反應發生，提醒患者切勿自行降低劑量或忘記吃藥。
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