健保署公布2020年227家醫療院所財報及醫療服務申報情形。林口長庚醫院連續5年登上全國最賺錢醫院，整體結餘金額為43.47億元，最賠錢醫院為嘉義長庚醫院虧損10.33億元，成為全國最賺錢及最賠錢的醫院均是長庚醫療體系。健保署表示，2020年為受新冠疫情衝擊的第一年，各醫療院於醫療和非醫療收入均受影響。專家表示，綜觀近年來醫療院所於醫務收入均呈衰退趨勢，呼籲政府應適度給予醫院彈性的經營空間，吸引優秀人才朝醫療領域發展。
陽明交通大學醫務管理研究所兼任副教授、新光醫院副院長洪子仁指出，醫務收入是醫院本業，但綜觀醫院財報，近年來醫務收入均呈現衰退趨勢，多數是仍靠非醫務收入支撐，尤其近年推動住院醫師納「勞基法」、防疫期間防護裝備費用，以及調漲電價等都使得醫院營運成本增加，健保點值又未提升，可說是「雙頭夾擊」，迫使醫院可能壓縮醫護調薪空間、延後設備更新年限、阻礙智慧醫療的轉型及發展等。
洪子仁表示，醫院如同所有機構與企業，必須取得一定利潤，以進行中長期投資，提升經營體質、研發尖端醫療、培育未來人才、獎賞績效優良的員工，這些都是在醫院經營層次的結構，必須仰賴每年的經營獲利來支應，也是政府應該留給醫院的空間。
洪子仁指出，醫院作為全體國民健康的守護者，當然不應該存在暴利，也必須能夠讓底層財務困難的民眾能夠獲得基本的醫療照顧，但是，如果醫院連續多年都無法獲利，而且不是個別醫療院所的單一現象，那麼，下一個27年健保體系所能夠提供的醫療品質，肯定是要江河日下，而全體國人都將是醫院虧損的受害者，這是我們不能忽視的強烈警訊。
洪子仁說，要扭轉醫療院所本業長期盈餘向下趨勢，設法提升醫院收入已成為當務之急，唯有擴大醫院自主經營空間的才能解決這個結構性問題，建議政府應適度給予醫院彈性經營空間，如鬆綁自付差額特材規定、健保病床比例等，擬定政策加緊投資健康等，吸引優秀人才朝醫療領域發展，而對於調升費率、保費也必須嚴肅思考。
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