困難梭菌相當棘手，感染者會不斷腹瀉，一天可以拉到20幾次，難以治療，甚至使用三線抗生素治療效果仍有限。長庚醫院透過「微菌叢」治療法，從人體糞便提取良好的菌液，注入感染者大腸中，重塑腸菌生態，目前已成功治療超過100位病人，成功率高達九成，病況獲得大幅改善。
微菌叢治療問世前，面對困難梭菌可說是束手無策，林口長庚醫院胃腸科副教授李柏賢表示，困難梭菌重症患者死亡率高達二成五，有病患用到三線抗生素仍無法改善狀況。
一名52歲女性罹患卵巢癌末期，接受化療時因感染困難梭菌，造成嚴重腹瀉，一吃就拉，無法進食，一天拉20次以上，甚至拉到脫水昏倒在廁所，化療因此被迫中斷4次。李柏賢說，個案直到接受微菌叢治療後，第二天就不再腹瀉，並繼續接受化療，困難梭菌未再復發，化療狀況穩定，腫瘤控制愈來愈好。
器官移植者感染機率相當高，高雄長庚胃腸科副教授蔡明釗說，肝臟移植患者因使用抗排斥藥物治療，困難梭菌感染機率較一般人增加10倍，高雄長庚累計有6名肝臟移植病人感染困難梭菌，經過微菌叢治療後康復，治癒率達到八成八，未出現其他併發症。
微菌叢治療的菌源多選擇年輕大學生作為糞便捐贈者，並經過詳細調查用藥、旅遊史等50多項檢測後，糞便在3個月內進行純化、蒐集分辨、離心過濾處理後，提取有效菌液，儲存在微菌銀行中，當病患需要時，才進行解凍，即時提供給病患，交由內視鏡治療中心進行治療。
林口長庚醫院副院長邱政洵表示，長庚的微菌中心負責製備、儲存，只要全台各地的長庚分院有病患需要，都會透過冷鏈系統送達，提供最即時性的醫療服務。目前已和澳洲的BiomeBank簽定MOU合作備忘錄，希望在台研發出口服的治療藥物，造福更多病患。
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