雖然大多數的胃食道流患者都在門診求醫，但「火燒心」讓人不適難耐，部分患者期待透過手術根治。目前臨床多使用無線射頻燒灼術及腹腔鏡胃底折疊手術，但醫師表示，兩種手術會做的專家不多，且都可能產生併發症，因此優先建議藥物治療，需手術者應找有經驗的醫師執行。
藥物種類
氫離子幫浦阻斷劑
台灣消化系內視鏡醫學會理事、安南醫院醫療副院長許秉毅表示，在藥物治療方面，胃食道逆流藥物的治療機轉包括減少胃酸分泌、增加腸胃蠕動、中和胃酸酸性以及保護胃部黏膜等。其中，「氫離子幫浦阻斷劑」能將胃黏膜上分泌胃酸的「壁細胞」的幫浦（也就是所謂的氫離子幫浦）關閉，避免胃酸分泌，是目前臨床上效果最好的藥物，但因健保僅給付胃鏡檢出有食道潰瘍的患者，因此統計用量居第二名。
H2受體拮抗劑
「H2受體拮抗劑」是透過阻斷胃「壁細胞」上的組織胺受器，減少胃酸分泌，胃黏膜上負責分泌胃酸的「壁細胞」表面有組織胺受器、胃泌素受器與乙醯膽鹼受器三種，在受到刺激後，都會命令氫離子幫浦分泌胃酸。因為「H2受體拮抗劑」只能阻斷組織胺受器，所以只能減少約三分之一的胃酸分泌，用藥效果沒有「氫離子幫浦阻斷劑」來得好。
增進腸胃蠕動的藥劑
增進腸胃蠕動的藥劑能幫助患者較快往下排掉胃酸、減少其逆流而上的機會，由於健保給付不限食道糜爛的患者，因此這類藥物的用量最高。
制酸劑
胃乳片等「制酸劑」，利用鹼性成分中和胃酸，不過吞下肚後一小時就排掉，因此一天需要多次服用，效果並不好。
胃黏膜保護劑
「胃黏膜保護劑」外觀為粉狀，加水後會呈黏稠液體，吞下肚就能附著胃壁、形成保護膜，但胃壁面積大、保護膜難以全面覆蓋，且一吃下其他食物就沖掉了，因此臨床上很少處方。
手術方式
許秉毅表示，胃食道逆流可能源於下食道括約肌鬆弛或是橫膈膜裂孔過大。主要有以下兩種手術，但兩者均不容易抓到最適當的鬆緊度，如果太鬆就等於治療沒什麼效果，如果太緊則可能造成吞嚥困難等問題，因此非必要不需要開刀。
無線射頻燒灼術
適用：較不嚴重的病人
「無線射頻燒灼術」是利用類似鼻胃管的熱頻管線從患者的口腔伸進，再往下走到賁門。管線前頭會釋放熱能來破壞賁門的黏膜及肌肉層，遭破壞處將會潰瘍、結疤，利用結疤使該處變緊，達到治療目的。
一般而言，「無線射頻燒灼術」只能使用於胃食道逆流還不算太嚴重的病人，如果很嚴重，則須使用腹腔鏡手術治療。
腹腔鏡胃底折疊手術
適用：有典型胃酸逆流症狀、食道破皮糜爛、有橫膈膜裂孔疝氣問題
「腹腔鏡胃底折疊手術」猶如打領帶，醫師會利用胃部頂端的組織把賁門繞一圈再縫緊，使胃上端變得較緊實。可開刀的三條件，包括要有典型胃酸逆流症狀、食道有破皮糜爛、有橫膈膜裂孔疝氣問題，且須作24小時食道酸鹼度與電阻測定，先證實不適感真的源於胃酸逆流，建議患者務必找到有經驗的醫師執刀。
中醫治療
三種體質 可用中藥調整治本
不少胃食道逆流患者尋求中醫治療，健保數據顯示，中醫科門診量高居各科第三。嘉義長庚醫院中醫科、健康資訊暨流行病學研究室副教授楊曜旭表示，中醫治療可概分治標與治本，當胃酸不止，可透過烏賊骨跟浙貝母製成的烏貝散來抑制胃酸、緩解不適，有時會視病患的情況加上白芨來修復胃酸逆流造成的食道跟胃黏膜損傷。
根本性地治療則要回歸調整體質。胃食道逆流常見於三種體質的患者：
1.肝氣鬱結者：這群人性格較急躁、容易煩惱，導致氣滯橫逆犯胃與濁氣上逆，治療上常用柴胡疏肝湯或加味逍遙散等方劑，也可佐加佛手、枳殼、川楝子等藥物，同時建議適度按摩內關穴與太衝穴。
2.脾胃濕熱者：這群人喜吃高熱量、辛辣或甜膩食物，體型通常較福態、面色紅潤、易口乾舌燥，臨床上常用神麴、山楂、麥芽、雞內金等藥物來消食導滯，並配合保和丸跟三黃瀉心湯等驅除體內濕熱的藥物，同時建議適度按摩內庭穴與豐隆穴。
3.脾胃虛弱者：這群人可能是天生脾胃功能差，或是生大病、開過刀而影響脾胃功能。他們往往形體消瘦、看來疲倦，治療上常用四君子湯、參苓白朮散等補脾益氣藥物，另建議適度按摩足三里、太白等穴位。
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