由於本季流感疫苗出包，總計有75萬劑無法到貨，全台公費流感疫苗剩9.2萬劑，成人劑型剩餘量約6萬劑、幼兒劑型約3.2萬劑，目前有部分地區已打不到疫苗，對此疾管署開啟第二道防線，自去年12月1日起有發燒類流感患者，且家人同事同班同學有類流感發病者，已擴大為公費流感抗病毒藥劑適用對象，盡早抑制病毒，防止傳播可能。
疾管署副署長羅一鈞表示，估計最快一月底之前會先進口13萬劑疫苗換貨，其中9萬劑是三價0.5 mL劑成人型，另有4萬劑是四價劑型（可供成人及幼兒施打）。往年公費流感疫苗接種率約25%，本季因流感疫苗出包而短缺問題，估接種率會下修至22%。
雖目前還有一批疫苗會在一月底進貨，但許多民眾擔心到時候才打還得及嗎？羅一鈞表示，疫情最高峰將會落在春假當周，因此一月底打仍有保護力，今年疫情延遲半個月，再加上三年前H1N1大流行時，疫情高峰期延續至3月初，建議民眾繼續等等疫苗。
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