據疾管署統計，肺炎鏈球菌疫苗自推行以來，已有效降低兒童及成人肺炎鏈球菌感染引起的肺炎、腦膜炎、敗血症等侵襲性疾病（IPD）及其相關死亡率。臺大醫院兒童感染科主任呂俊毅表示，隨著疫苗普及所帶來的直接及間接保護的效果，國內65歲以上成人之侵襲性肺炎鏈球菌感染的血清型已出現明顯轉變。目前所使用的13價接合型肺炎鏈球菌疫苗（PCV13）僅能涵蓋部分的常見血清型。
近年來，國內外已推出新的肺炎鏈球菌疫苗，例如20價（PCV20）與21價（PCV21）接合型疫苗。20價疫苗可視為13價疫苗的擴充版本，新增多種具流行趨勢之血清型；21價疫苗則重新選擇涵蓋血清型，移除7價血清型，轉而納入更多新興或現行流行株，成為具「互補」性質的肺炎鏈球菌疫苗，為強化未來肺炎鏈球菌的保護提供了新的方向。
台灣成人肺炎鏈球菌疫苗接種政策，早在2007年便由台塑企業王永慶創辦人捐贈23價多醣體（PPV23）疫苗，提供75歲以上符合條件的長者接種。之後，隨著保護效力更好的接合型疫苗（conjugate vaccine）上市並擴充到了13價。
政府自2023年起推動65歲以上民眾公費接種PCV13與PPV23兩劑疫苗，2025年3月進一步擴大至19-64歲具高風險因素族群，8月1日再涵蓋55歲至64歲的原住民接種，疫苗接種對象日益廣泛。
台灣自2009年提供7價接合型疫苗給5歲以下高危險兒童，逐步建構完整的幼兒與成人肺炎鏈球菌疫苗接種政策，涵蓋絕大部分高風險族群。隨著疫苗覆蓋率提升，肺炎鏈球菌血清型也逐步演變。
呂俊毅指出，從幼兒施打7價疫苗以來，成人也獲得間接保護，65歲以上成年人侵襲性肺炎鏈球菌感染的血清型中，原屬7價疫苗涵蓋血清型的比例由2009年的58%下降至2022年的17%；2013年兒童公費接種13價疫苗後，13種血清型所佔比例也從79%逐步降至38%。整體而言，7價及13價所函蓋的血清型持續下降。然而，如果把13價擴充到20價，在2022年也僅能涵蓋47%的分離菌株，仍有過半數的血清型未納入現有疫苗的保護範圍。
據疾管署統計，目前台灣65歲以上長者主要流行的IPD血清型，前五名為15A/C、23A、15B、19A、35，其中15A／C、23A與35型並未被現行PCV13、PCV20或PPV23涵蓋。
呂俊毅進一步說明，肺炎鏈球菌血清型已知就超過100種，因此，當某些血清型因廣泛疫苗接種而減少後，其他非疫苗涵蓋的血清型便開始「補位」，取而代之成為主要流行株，這種現象稱為「血清型置換（serotype replacement）」。因此，相關疫苗研發持續進行，以應對流行株轉變與保護力縫隙。
呂俊毅表示，目前最新的是20價疫苗可視為13價的擴充，屬於基本保護型態，而在美國已上市的21價疫苗則不再涵蓋過去7價疫苗涵蓋的血清型，轉而加入更多新興的血清型，補足現有疫苗的不足，算是「互補型」的新興疫苗，也涵蓋許多目前台灣流行的非疫苗血清型。PCV20與PCV21兩者互有優勢、各擅勝場。
美國已建議所有50歲以上民眾接種肺炎鏈球菌疫苗；針對從未接種過肺炎鏈球菌疫苗的成人，可接種PCV20或PCV21。至於未來21價疫苗在台灣上市以後，民眾該如何選擇？呂俊毅建議，兩種疫苗皆具良好保護效力，從沒打過肺炎鏈球菌疫苗的人可以任擇其一；若已經接種過7價或13價疫苗，為求更廣的保護力，或可考慮接種一劑21價疫苗。未來台灣公費疫苗是否會由13價升級為PCV20或PCV21，則待政府評估與決定。
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