新冠疫苗在全球流行，也讓疫苗接種成為全民運動，但也伴隨不良反應；平均每千劑注射通報數約為0.3件，新冠疫苗發出的救濟金及補助金早已是疫苗救濟金最大宗支出項目。疾管署副署長曾淑慧表示，基金短絀可以使用先前剩餘的來支應，不至於發不出救濟金；若是基金水位吃緊，不排除研擬向疫苗廠商加收費用。
新冠疫苗從2021年開始推動接種，根據疾病管制署最新統計資料，截至6月25日新冠疫苗累積接種超過6808萬劑次，民眾第一劑施打率亦達94％，然而高接種率也不免伴隨不良事件，目前通報共有2萬1189件。
根據「預防接種受害救濟基金徵收及審議辦法」，截至5月18日，有7550案件有申請疫苗救濟，並且有284案獲得救濟，金額累積高達8678萬7千元；另有疑因預防接種疫苗受害致死，並經病理解剖後會給予喪葬補助費30萬元，共有181例，但僅有4案被認為是具有關聯性（包含相關及無法確定）。加上醫療補助、喪葬補助以及救濟金額合計發出1億4155萬5千元。
審議辦法為明定，疫苗製造或輸入廠商每一人劑疫苗要徵收1.5元作為預防接種受害救濟基金。目前基金水位約為1億4944萬元；而疫苗不論輸入或捐贈都需要繳交徵收金，新冠疫苗採購加捐贈總共9267.5萬劑，至少貢獻救濟基金1億3900萬元，但是新冠疫苗所支出的金額已經超過於此，並且施打計次亦不及7000萬劑。
曾淑慧說，縱使近期救濟基金財報短絀，但是仍有先前剩餘基金可以使用，不至於有救濟金發不出來的狀況。若是基金水位接近1億5千元，會考慮調整疫苗基金的收費是否比每劑1.5元多，現在基金雖然已經逼近臨界值，但是近期疫苗施打的數量比之前少，會持續觀察評估。
根據統計，近3年基金餘額分別為2022年1億7460萬、2021年2億1533萬、2020年2億809萬元；其中新冠疫苗救濟及補助金在2022年發出1億84萬元、2021年發出949萬元。基金決算書也顯示，去年短絀主因是救濟申請案件大增，審議小組會議開會頻率跟著提升讓專業服務費較增加，以及死亡給付、喪葬補助都提升。
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