7月中旬曾有婦產科醫師反映，一名婦女接種完AZ疫苗後發現自己懷孕，要求第二劑混打莫德納疫苗。但當時因無相關規範，指揮中心指揮官陳時中也表示，將由專家討論。不過，指揮中心於10月28日公告，因考量混打不良反應機率和嚴重度較接種同一廠牌高，暫不開放混打。至於未來是否開放孕婦混打BNT，指揮中心發言人莊人祥則表示，會再討論。
指揮中心於「特定疾病對象接種參考QA」中指出，目前新冠肺炎疫苗未提供孕婦混打使用，且國內外均無針對孕婦做新冠疫苗混打的臨床試驗。依據其他疫苗交替使用的臨床試驗初步結果，第一劑接種AZ 疫苗，第二劑接種mRNA 疫苗的不良反應發生機率及嚴重度，較兩劑接種同一廠牌高。因此第二劑疫苗應與第一劑疫苗同一廠牌，以避免混打引起副作用時對母體或胎兒可能造成影響。
不過，如接種第一劑疫苗後發生嚴重不良反應，可提供就醫診斷書或衛生單位通知具嚴重不良事件通知或記錄，經醫師評估後可擇其他適合廠牌完成第二劑疫苗接種。
莊人祥則表示，莫德納疫苗目前僅開放第一類對象，即醫護工作人員混打。孕婦的部分因尚未開放，因此重申不可混打。但是未來若隨著BNT疫苗開放混打，是否擴及適用到孕婦，會再討論。
指揮中心中區指揮官、中國附醫副院長黃高彬說，雖國內外目前沒有相關數據顯示孕婦可否混打，但看起來即使混打也沒有什麼影響。未來就等指揮中心是否舉行相關專家會議，進行進一步的討論。
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