9月下旬，台灣高鐵公司員工抓緊部分醫院預約系統疏漏，假冒一到三類人員，成功「闖關」，施打到第二劑莫德納疫苗，引發爭議，實際上不只高雄市立聯合醫院協助42名高鐵員工施打，北、中部縣市醫院也有類似情況。
根據本報取得台灣高鐵內部公告顯示，高鐵在6月18日曾發布一份「嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)」疫苗接種給假申請程序及彙整相關防疫給假項目，內容提到在當日班表工時期間進行疫苗接種時，得以「出差申請單」申請4小時公出及高鐵列車搭乘協助。
不過根據高鐵公司9月27日公告的一份調整「嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)」疫苗接種請假申請程序，則增加原則上，疫苗接種得以「公出」辦理，但同時為確保單位業務順利推動，人力運用不受影響，若單位認有需要時，得要求同仁於預約疫苗接種前，先與單位確認預約日期是否可行。若單位同意該預約日期，請同仁依後續程序說明申請「公出」。
此外，在疫苗接種以公出辦理的規定上，6月的公告說依政府通知預約疫苗接種者，應於提出出差申請單時，檢附預約疫苗接種相關資料。但9月27日最新公告指出，單位主管基於管理需求，得要求同仁提出「疫苗接種紀錄卡」。
由於台灣高鐵多名員工大舉南下闖關打疫苗的時間點在22日前後，就讓內部認為，新的規定加嚴就是在針對企圖違規的員工。
對此，台灣高鐵公司則澄清新公告與員工闖關打莫德納第二劑無關，會有新公告是因為陸續有同仁對疫苗施打規定有疑慮，才整理出統一公告，避免標準不一狀況。
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