全台基層診所投入協助新冠肺炎疫苗接種，卻傳出立法院原先決議撥補的疫苗處置費及掛號、行政等補助費，衛福部長陳時中打算賴帳，不只板橋小兒科診所醫師張博揚上網發長文抨擊，中華民國基層醫療協會也以「最速件」發函行政院，痛指衛福部讓合約院所虧本替國家執行政策，等同政府請客，院所買單，完全是「慷合約診所之慨！」
中華民國基層醫療協會行文行政院表示，為防治新冠肺炎疫情，台灣醫界不分醫院、基層，全面協助國家加速施打疫苗力拼覆蓋率。其中深受社區居民信任的基層診所，就近提供高品質接種照護，避免跨區群聚，成為台灣防疫亮點。
協會表示，以往公費流感疫苗接種計畫，政府除提供免費流感疫苗及注射處置費外，民眾需依各縣市規定自付掛號費及其他接種相關醫療費用，以台北市為例為150至200元，做為維持合約診所基本營運的現金流。
這次新冠肺炎疫苗接種，行政流程較流感疫苗繁瑣，尤其留觀15至30分鐘的空間需求更增人力物力成本。但這次接種計畫卻強制規定合約院所不得向民眾收費，由政府以「極為不合理、不敷成本的方案」補助院所掛號費及其他接種相關醫療費用，完全不尊重醫療專業，「讓合約院所虧本替國家執行政策，等同政府請客，院所買單，完全是慷合約診所之慨」!
文中並指出，賴惠員等委員在「中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算第3次追加預算案」第736號提案主決議，請衛生福利部在這次接種作業至少比照流感疫苗公費注射給予疫苗處置費100元、院所行政費用150元，陳時中部長亦表示遵照辦理，但陳在7月21日疫情記者會中卻表示，協助接種的醫療院所，除可領每劑100元疫苗處置費，達一定目標數量會再額外加發40元獎勵金，似乎完全忘記在立法院的承諾。
協會表示，大多數承接施打新冠肺炎疫苗業務的基層診所也是受疫情嚴重影響的重災戶，營運岌岌可危待紓困，合約診所願意投入防疫行列，得到的卻是極不合理的對待。為使防疫先鋒無後顧之憂，建請行政院院尊重立法院決議，以合理補助來取代目前方案，並盡速與疫苗處置費給付給院所，以提振士氣。
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