台南市政府傳出有意將南科園區企業公司的老闆、重要幹部納入下一波第二類優先施打疫苗對象之一，此番作法引起爭議，外界指公司決策主管並不在中央所公告的第二類「中央及地方政府防疫人員」範疇內，質疑市府違反中央流行疫情指揮中心指導原則，意在討好企業。台南市副市長戴謙澄清，目前未將南科企業納入第二類優先施打對象，而是先調查園區防疫第一線相關人員，以利未來接種工作順利，傳言非屬實。
據傳，南市府要求南科管理局整理名冊，將公司老闆列為指揮官、公司副理列為副指揮官，並將重要幹部列為防疫重點人員，讓他們在接種疫苗的名目上，可被視為優先施打對象。由南科管理局發出問卷，請台南園區各會員廠商提供所需的「第二類防疫核心人員」名單，公會彙整到南科管理局再轉送南市府。
根據中央流行疫情指揮中心最新的公開資訊，公費疫苗接種對象的優先順序分十類，第一類為維持醫療量能的醫事人員、第二類為維持防疫量能的中央及地方政府防疫人員、第三類為第一線高風險接觸工作者、第四類為因特殊情形必要出國者、第五類為維持治安的警察和憲兵，外界質疑公司企業主管不比這些第一線人員還具風險，市府違反中央指導原則，應是想討好企業。
副市長戴謙指出，京元電子竹南廠爆發群聚感染，引起全國關注，為避免南科產生疫情破口，台南市政府超前部署與南科緊密合作，預先調查園區事業單位在防疫第一線相關人員，如廠醫、廠護、協助公司居檢人員服務及清潔保全等，以利未來疫苗大量抵達時，能夠加速接種效率，確保南科營運與員工健康無虞。
戴謙說，有關相關疫苗施打序位，台南市政府將依中央疫情指揮中心的指引及衛生單位的規定辦理，並非如同網路流傳優先給企業重要幹部施打，目前名單還未送到市府。
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