國產疫苗二期臨床試驗尚未解盲，政府卻已經採購一千萬劑，指揮中心強調國外三大上市疫苗通過緊急使用授權（ＥＵＡ）時，均只有完成二期試驗；台大醫院感染科前醫師林氏璧表示，指揮官陳時中沒有說清楚的是，人家是第三期已經做到一定程度，有了初步成果才給ＥＵＡ。
目前在美國獲准上市的三種新冠疫苗，都已針對數萬人做過第三期人體試驗，提出防護力等中期分析報告，確定效果後，才能向美國食品藥物管理局（ＦＤＡ）申請緊急使用授權。
以第一個獲得美國緊急使用授權的輝瑞／ＢＮＴ新冠疫苗為例，這支疫苗去年七月起對四萬三千多名志願者進行第三期試驗，去年十一月十八日發表中期報告，顯示防護力達百分之九十五；第二支莫德納新冠疫苗，也對超過三萬人進行第三期試驗，取得保護力百分之九十四點五。
指揮中心專家小組成員、台灣疫苗推動協會榮譽理事長李秉穎表示，台灣要做到同樣程度可能得花上三百億，還需花上一到兩年去國外流行地區執行第三期研究。目前疫苗研發趨勢為透過比較抗體濃度來為疫苗確效，台灣國產疫苗正與接種ＡＺ者的血清抗體濃度進行比較，希望六月底前完成報告。
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