防疫有成，陳時中成為我國有史以來滿意度、知名度最高的衛福部長，挾著超高人氣，他即將挑戰另一個不可能的任務，那就是調漲健保費率。陳時中接受聯合報專訪時直言，「調整健保費用，不是不講的問題」，再過不久，就需面對。
調漲健保費率幾乎是歷任衛生署長、衛福部長不敢碰觸的敏感議題，每次調漲，就會折損一位政務官，前衛生署長李明亮就在宣布調高健保費率後請辭下台。對此，陳時中表示，希望在他任內打破這項折損官員的隱性慣例。
對於這個燙手山芋，即將接任第二任衛福部長的陳時中並未迴避，將採取直球對決，希望發揮自己善於溝通的專才，讓民眾瞭解提整費率的必要性，進而形成共識。
為了解決健保財務困境，日前民進黨立委、醫師公會全聯會理事長邱泰源提出提高部分負擔方案，對此，陳時中持保留態度，且有具體想法。他認為，如調高部分負擔，不利於貧苦人家，違背健保基本精神。
舉例來說，基於使用者付費原則，提高就醫部分負擔就可能出現「出得起五萬元的人不用死，而出不起五萬元的人就沒了活下去的機會」殘酷案例。
對於同為執政黨立委所提方案，陳時中說，「只能讓一點點」，不可能全盤接受，例如提高檢驗項目部分負擔，之前外界提議每次患者自付一千元，對許多人來說，這根本沒什麼，但有些人經濟能力不好，連買便當、顧三餐都成問題，怎有能力再付一千元。
如真要調高部分負擔，陳時中認為，「需有公平機制」，他提出初步構想，先計算國人一年平均就醫次數，這就是上限，例如一年平均十次就醫，從第十一次起，才拉高部分負擔，且應有配套措施，排除中低收入戶等弱勢族群。
相較之下，陳時中說，「調整健保費率，比較公平。」，希望透過更理性的討論，達到大家都能接受的結果，讓政府、雇主、勞工等三方同意，獲得共識。
陳時中認為，勞工朋友應該想得更深遠一點，提高健保費率，看起來表面上每個月要多繳一些保費，但實際獲得的就醫保障會比較多。
調升健保費率，增加健保經費，就能加速新藥、醫療新技術的引進速度，造福更多患者，陳時中說，「健保大水庫不夠，就無法投資新藥、新技術。」
「如果為了省眼前的一塊錢，可能未來必須多付十元醫療費用。」陳時中以C肝口服新藥為例，健保尚未給付之前，老闆等有錢患者花一百八十萬元完成療程，認為很值得。但對於一般民眾來說，如果健保不付，怎可能負擔得起。
陳時中強調，很多人認為調高健保費率對勞工不利，事實剛好相反，依照健保規定，勞工、受顧者如果多出一元，政府及資方就必須多出三元，等於多享受三塊錢的健保利益，未來將盡全力爭取勞工界支持，積極協商溝通，尋求合理的費率調整方案。
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