過去為防院內感染，民眾需採檢陰性後才可住院、陪病等。不過新冠肺炎本土疫情延燒，已有200多萬國人染疫，因此指揮中心調整「醫院因應COVID-19醫療應變措施」確定病例符合解除隔離條件，且距發病日或採檢陽性日15天以上至3個月內者，得免除篩檢。
指揮官陳時中表示，已於6月6日發文各縣市衛生局轉知醫療院所，適用人員包括住院病人、陪病者、探病者、急診留觀24小時以上病人及其陪病者、醫療照護人員、採檢人員等。
配合「嚴重特殊傳染性肺炎確診個案處置及解除隔離治療條件」修訂，指揮中心調整「醫院因應COVID-19醫療應變措施」之已解除隔離確定病例得免除篩檢條件，並已於6月6日發文各縣市衛生局轉知醫療院所，實施日期依各醫院公告辦理。調整內容說明如下：
一、由「確定病例符合檢驗解除隔離條件且距發病日3個月內，得免除篩檢」，修正為「確定病例符合解除隔離條件，且距發病日或採檢陽性日(無症狀者適用)15天(含)以上至3個月內者，得免除篩檢」。
二、醫院得衡酌社區傳播風險，依上開原則執行住院病人、陪病者、探病者、急診留觀24小時以上病人及其陪病者、醫療照護人員、採檢人員等篩檢措施，若本身為確診者已解隔，且符合「距發病日或採檢陽性日(無症狀者適用)15天(含)以上至3個月內」，得免除相關之入院篩檢及定期篩檢。
指揮中心指出，各項醫療應變策略將持續視疫情狀況滾動修正，相關醫院因應COVID-19醫療應變措施已置於衛生福利部疾病管制署全球資訊網/嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)專區/醫療照護機構感染管制相關指引/醫院因應COVID-19醫療應變措施項下，供各界下載運用。另呼籲醫療機構務必落實執行醫療應變措施，強化感染管制，以確保人員健康安全，共同嚴守醫療防線。
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