中央流行指揮中心三月宣布，為減少人員出入境，若外勞因疫情被迫取消返鄉機票，將會予以補償。另外，四月為了將集中檢疫所床位挪給人數眾多的軍艦官兵，臨時取消外勞可申請床位，移工行程受影響，需重新買機票，這部分也造成損失。
針對上述兩次因應防疫而造成移工交通經費損失，指揮中心副指揮官陳宗彥今正面回應，勞動部已公布申請辦法，指揮中心將再了解勞動部是否建立相關制度，「會再叮嚀勞動部。」
桃園市家庭看護工職業工會秘書長黃姿華表示，對於補償移工已取消返鄉機票，多次詢問勞動部，都未收到相關辦法。由於雇主普遍無法提供合適的居家檢疫場所，大部分移工都被去要求集中檢疫場所進行居家檢疫14天，床位一位難求，後來因國要入住，移工無法入境只好去改機票，不能改便只能重買，「一張機票就是移工半個月到一個月的薪水，這部分是否有補償？」
副指揮官陳宗彥表示，針對移工，指揮中心會再了解勞動部目前有無確實建立制度，會再叮嚀勞動部。他並釐清，檢疫所的移工床位取消，只有一周的時間，隔同集中檢疫所的能量恢復後，馬上恢復移工申請，影響人數應該不多。
勞動部勞動力發展署跨國勞動力管理組長薛鑑忠表示，自3月17日起，移工入境要居家檢疫14天，當時為了減少人員跨境流動，決議若在台移工因此延後或取消行程導致的交通費用損失，可向地方勞工局申請補償的，如果獲得部分退費或扣手續費，可向地方勞工局申請補償差額。
薛鑑忠表示，上述補償申請辦法已於4月30日公布上網（網址：https://reurl.cc/d0yVnk），申請辦法包括印尼、泰國、越南、菲律賓等四國語言，都已向縣市地方政府發布。至於暫時取消集中檢疫所床位所導致之交通損失，薛鑑忠表示，勞動部將配合指揮中心的指示來辦理。
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