國際間陸續發現新冠肺炎突變株，台灣也陸續從境外移入病例當中分離出英國株、南非株，並陸續宣布將相關旅遊史的旅客列入強制集中檢疫，並且由公費支應相關費用。不過，中央流行疫情指揮中心專家諮詢小組成員，台灣疫苗推動協會榮譽理事長李秉穎對此有不同意見。他在個人臉書公開表示，「世界各地發生的突變病毒會繼續增加，一段時間以後，所有國家來的旅客都要集中檢疫，都不必付費？」
台大兒童醫院院長黃立民也說，以目前的環境，只要是國外旅客近來都需要控管，但他也覺得不需要去分地區，基本上都應該照一樣的方式檢疫14天，重點是「落實管理」。就管理考量，集中檢疫確實比較方便，但按病毒株區分檢疫方式，其實太複雜也沒必要，而且大部分國家的集中檢疫場所基本上還是使用者付費的原則。
中研院生醫所兼任研究員何美鄉表示，因為現在是嚴冬，怕傳播快，指揮中心的判斷可能是希望採取比較保險的做法，予以尊重。或許等到天氣回暖，打過疫苗之後，作法會有所不同，民眾心情也會更安穩。不過目前看來，打過疫苗的人不一定是免疫或不會傳播，目前對於疫苗效果還沒有充足資訊或信心的情況下，規定的修改也還是要再等等。
黃立民表示，疫苗理論上是偏向保護下呼吸道病毒量不要太高，比較不會重症，但是上呼吸道可能還是有一些病毒，打過疫苗之後是否還能傳播病毒，還需要更多驗證。等到世界各國都有頒布一些針對打過疫苗入境者的檢疫規定之後，台灣就可以參考他國規定，研議適合我們的作法。
衛生福利部常務次長石崇良表示，集中檢疫所只有少部分是公費處理，即具有高風險需要強制集中檢疫者，例如曾經用於菲國入境、印尼籍移工、現在用於英國等發現變異株的國家。其他若是屬於找不到合適檢疫場所的，還是要自費入住。
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