嘉義基督教醫院是雲嘉南地區大腸直腸癌重要治療中心，透過社區護理室「四癌篩檢」、胃腸肝膽科「內視鏡黏膜下剝離術」、大腸直腸外科「3D立體腹腔鏡」，平均每年治療超過250例大腸直腸癌病人，在區域醫院排名第一，幫助許多人減輕癌症之苦，獲得SNQ國家品質標章肯定。
嘉基推動癌症篩檢，前年參與篩檢的民眾有12270人，發現462件癌前病變、31件癌症，連續三年獲得衛福部癌症防治金獎，是全國唯一非醫學中心獲得「癌症防治典範獎」的醫院。
嘉基在大腸癌早期癌治療中採內視鏡黏膜下剝離術（ESD），嘉基胃腸肝膽科醫師周莒光指出，透過內視鏡將食道、胃、大腸的淺層病灶完整切除，可讓早期患者減少大範圍手術造成的器官失能。目前ESD執行案例已超過200例，患者年紀最高為90歲。
嘉基大腸直腸外科主任林怡成指出，過去治療中後期大腸直腸癌，常使用腹腔鏡進行手術，但受限視角跟機械角度，導致病患出血量較多且淋巴結清除不易。
嘉基引進3D腹腔鏡微創手術，3D視野具有立體清晰效果，可讓患者出血量相較傳統腹腔鏡減少約一半，淋巴結也清除較乾淨。嘉基治療第二期到第四期大腸癌患者，五年存活率高於全國醫學中心平均。