外科手術是大腸直腸癌最常見治療方式，台北榮總大腸直腸外科主治醫師林春吉表示，大腸癌第一、二期的患者，手術治療的五年存活率約80%至90%，第三期則有60%至70%。
北榮每年執行逾七百例大腸直腸癌手術，九成使用腹腔鏡切除腫瘤，部分轉移到肝臟者，也可接受腹腔鏡手術切除病灶。若曾開過刀發生沾黏、腫瘤太大，或腫瘤侵犯其他器官，則選擇傳統開腹手術，至於達文西手臂手術，治療大腸癌效益仍待評估。
大腸直腸癌手術除了切除腫瘤附近的腸子，最重要的是要將該區域的淋巴結清除乾淨，尤其低位直腸癌，有時侯需清除骨盆腔側壁淋巴結，附近血管複雜，一不小心就可能大出血。
另外，直腸癌因腫瘤在骨盆腔，範圍較為侷限，若患者較肥胖或為男性，手術更困難。林春吉表示，過去由腹部往骨盆腔進行手術，現也發展出經肛門全直腸繫膜切除（TaTME），可從肛門處低位往上進行，「就像雪山隧道兩邊打通」，較能掌握切除範圍。
至於術後照護，林春吉說，大腸癌手術後大部份只需作息正常、均衡飲食，和一般人一樣正常生活。但術後需定期追蹤，前兩年每三個月、術後三至五年內每半年，之後每年追蹤，以早期發現異常，可盡早治療，避免復發惡化。
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