精確檢查癌症所不可或缺的醫院部門，算是「核子醫學科」了，它是運用同位素藥物注射、口服或吸入人體，從體內對外放射而造成顯影的功能，以確認癌症部位和大小形狀。
奇妙的是，不同的部位，要用不同藥物顯影，藥物包羅萬象，也可以掃描顯影出各種腫瘤，這是核子醫學結合分子生物的研發成果，除了協助癌症的診斷，還可協助醫學的臨床研究。
配合眾多腫瘤的同位素造影需要擁有多樣化的設備，如單光子斷層掃描設備、乳房造影儀、甲狀腺攝取儀，新店耕莘也建置「正子斷層造影中心」，設有一套正子斷層造影設備（GE PET／CT 600），另有兩間「同位素治療病房」，也稱為放射碘-131治療隔離病房，特別用來治療甲狀腺癌患者。
正子斷層造影將正子攝影（PET）和全身電腦斷層掃描（CT）結合，同步運作，可以更清晰的顯影而利於醫師判讀，利用惡性腫瘤愛吃糖的特性，採用「氟化去氧葡萄糖」同位素做正子造影，能夠更敏銳的判別腫瘤惡性與否，解析度達0.3公分，可利用低造影時間和低輻射曝露，取得最好的影像，已是用來進行癌症分期、治療評估、偵測復發的重要檢查。
適合接受正子斷層掃描的病症包括，乳癌、子宮頸癌、甲狀腺癌、肺癌、大腸直腸癌、淋巴癌、食道癌、頭頸部癌、骨癌、腦瘤、腎上皮質或髓質腫瘤、冠心症（可判斷哪條血管堵塞了）等，用途甚廣，更可協助診斷巴金森症和失智症。
同位素治療病房通常預約後需要等待兩個月以上，通常是甲狀腺癌患者切除甲狀腺後，利用放射碘的特性，徹底誘殺消滅掉甲狀腺癌，在確認人體不能生產甲狀腺素的情況下，事後補充人工甲狀腺素，成效良好，病房可以讓病患充分休息而達到治療目的。
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