食藥署公布森永牛奶糖動物性成分檢驗為陰性、沒驗出奶，台灣森永製菓公司認為是食藥署使用的檢驗方法，無法精準檢驗精製過的食品。學者指出，食藥署使用的檢驗方法世界通用，即使食品經過高溫加工，DNA都不容易完全消失，因此業者若真有添加奶，那麼有可能是添加量較少，影響檢驗結果。
台灣森永製菓公司指出，食藥署檢驗方法無法有效檢驗精製過的產品，「如果食藥署檢驗其他廠牌牛奶糖，相信結果應差不多」；後續將配合衛生單位提供進貨與品管等資料，公司對最終檢驗結果有信心。
中原大學生物科技學系副教授招名威說，即時聚合酶鏈反應檢驗法是藉由檢驗血清蛋白DNA含量，來確定食品中是否有添加牛奶。相較於其他蛋白質、胺基酸，DNA穩定性高，即使加工過程遇上高溫會讓雙股螺旋打開，但DNA也不容易完全消失，因此是世界通用、常用的標準檢驗方法。
招名威說，若業者提供品管與投料資料顯示確實有添加牛奶原料，但本案檢驗動物性成分結果為陰性，應能合理推測是牛奶原料添加量少所致。
美和科技大學前校長、食品安全檢驗專家陳景川表示，牛奶糖成分幾乎是糖類、非牛奶，恐因DNA量少驗不出來。
針對森永提到製作過程可能會使動物DNA消失，北市衛生局還在追查中。
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