益生菌產品百百款且商機龐大，近期有業者有意從人體糞便中或是腸道中分離出「糞腸球菌」以及「屎腸球菌」作為食品原料，食品藥物管理署今預告糞腸球菌及屎腸球菌，菌株變異性大，不得作為食品原料使用，若是要作為食品原料使用，業者必須要提出數據證實安全無虞，經個案審議才有機會使用。
食藥署食品組簡任技正林旭陽表示，糞腸球菌主要從糞便中分離出，屎腸球菌則是從腸道中分離，兩者也可能從環境中分離出來，兩種球菌不像乳酸菌、比菲德式菌等，菌株穩定，糞腸、屎腸球菌經過人體或是環境，容易接觸外在細菌，使外在的物質容易汙染原有的菌株，有可能會有遺傳物質的轉移。
林旭陽表示，受到汙染的菌株再次進入到人體，恐怕會造成體內細菌大亂，因此，目前經過評估預告限制「糞腸球菌（Enterococcus faecalis）及屎腸球菌（Enterococcus faecium）不得作為食品原料使用」草案，將進行60天的預告，搜集各界意見後會再行公告。
林旭陽表示，屆時規定若是正式施行後，經查獲食品使用的原料不符合規定者，違者將可依法，開罰3萬到300萬元。
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