全民健保財務困窘，但政府部門卻屢傳積欠健保醫療款項。立法院預算中心調查發現，截至去年底止，中央政府累計仍積欠達96點68億元，且欠款大戶集中在與健保署系出同源的疾管署與國健署，甚至是上級單位衛福部，應盡速償還。
據健保署統計，至去年底中央機關委託健保署代辦業務的欠費清單中，以與健保署系出同源的衛福部疾管署最多，積欠66.62億元；國民健康署居次，也有21.21億元；就連衛福部本身，也欠8.05億元健保醫療款項排第三。
此外，也負責國民相關保險業務的勞動部勞工保險局也欠0.8億元，海巡署則欠約2萬元。
其中，衛福部欠費的委辦事項為兒童牙齒塗氟，疾管署是愛滋病醫療費用，國健署為預防保健費用，勞工局是職災醫療費用，海巡署則為海巡人員自行負擔費用。
預算中心認為，中央機關公務預算積欠健保基金每年各項代辦的醫療費用金額龐鉅，不利於健保基金財務健全與資金調度，國健署與前一年相比積欠費用還攀高，行政院應督導相關單位盡速償還。
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